В ту же ночь оба эти купца пропали без вести: были схвачены и сосланы неведомо куда. Это, конечно, возбудило у Шуйских снова вражду к Годунову. Повели на этот раз дело более тонко: составили челобитную государю, в которой просили его развестись с бездетной Ириной и вступить в новый брак, так как для блага государства нужен наследник царю. Уговорили и митрополита Дионисия подписаться и умолять царя о новом браке. Челобитную подписали, кроме бояр, именитые московские купцы. Годунову грозила опасность. Как ни любил Феодор Ирину, но мог уважить и просьбу москвичей, а особенно митрополита. Но Годунов вовремя узнал о враждебном замысле и постарался всеми силами уговорить Дионисия отстать от этой затеи: он выставил ему на вид, что дети еще могут быть у Ирины, а если их не будет, то законный наследник уже есть – брат царя, Димитрий Углицкий. Дионисий согласился не начинать этого дела, и замысел Шуйских, таким образом, расстроился.
После этого случая Годунов убедился, что для него опасно оставлять Шуйских в Москве: они могли еще новое что-нибудь предпринять против него. По словам летописи, по наущению Бориса подкупленные слуги Шуйских донесли на своих господ, что они задумали измену. Этого доноса было достаточно Годунову. Шуйских перехватали; людей их пытали, добивались от них новых улик против господ, но ничего не добились. Несмотря на это, Иван Петрович Шуйский был отправлен в Белоозеро и там, говорят, по приказу Годунова удавлен. Такая же участь постигла другого Шуйского. Пострадали и многие сторонники их: одни были казнены, другие заключены в тюрьмы, третьих заслали в далекие города…
Дионисий, видя эту жестокую расправу Годунова со своими недругами, задумал было, по старому обычаю святителей, печаловаться у царя за опальных бояр и жаловаться на насилия и неправды Годунова; но последствия были плачевны для митрополита. Годунов уверил Феодора, что Дионисий не пастырь, а волк в овечьей коже. Дионисий был свергнут и заточен в монастырь, а в митрополиты возведен Иов, ростовский архиепископ, человек вполне преданный Годунову.
Теперь у Годунова не было соперников и сильных врагов; никто не стоял ему поперек дороги, и он стал всемогущим правителем.
Феодор Иванович совсем не вмешивался в дела правления и всецело отдавался своим склонностям. Мы имеем весьма любопытные и обстоятельные сведения о его домашней жизни. Вставал он рано, около четырех часов утра. К нему являлся тогда его духовный отец, придворный священник, с крестом, благословлял его, прикасаясь концом креста к его лбу и ланитам. Царь целовал крест. Затем вносилась в покой икона с изображением того святого, который праздновался в тот день. Икону эту ставили к прочим образам, которыми была уставлена вся комната. Пред образами, богато украшенными жемчугом и драгоценными камнями, теплились лампады и горели восковые свечи. Царь молился с четверть часа. Затем священник вносил серебряную чашу со святой водой и кропил ею сперва образа, потом царя. Святую воду ежедневно приносили свежую; ее присылали царю игумены ближних и дальних монастырей от имени того святого, в честь которого построен монастырь.
После утренней молитвы царь посылал к царице спросить, хорошо ли она почивала, в добром ли она здоровье, а немного времени спустя сам шел здороваться с нею, и оба шли в свою домовую церковь к заутрене, которая длилась около часу. Вернувшись из церкви, царь садился в большом покое, куда приходили к нему на поклон бояре, которые были в милости при дворе. Здесь царь и бояре, если имели что сказать, беседовали между собой. Так бывало всякий день, если только здоровье царя или какие-либо случаи не мешали этому.
Около девяти часов утра царь шел в другую церковь (в один из кремлевских соборов), к обедне, продолжавшейся около двух часов; после нее царь беседовал несколько времени с боярами и разными сановниками, затем возвращался домой и отдыхал до обеда.