Ситуация в Европе становилась всё более опасной. Императрица понимала, что «французский разврат» несёт угрозу привычному мироустройству, и иногда не могла сдержать себя. Не менее знаковой, чем дело Радищева, стала бессудная расправа с одним из самых благородных людей той поры — Николаем Ивановичем Новиковым, основателем Типографической компании. Новиков и его друзья-масоны ставили целью духовно-нравственное исправление личности на стезях христианского вероучения. Они реализовали масштабный просветительско-филантропический проект: за десять лет (1779—1789) аренды университетской типографии было выпущено около девятисот изданий — примерно четверть всей печатной продукции того времени, в том числе первые в России женские, детские, философские, агрономические журналы, учебники, словари и т. п. Ими были открыты при Московском университете педагогическая семинария для подготовки преподавателей гимназий и пансионов, первое студенческое общество («Собрание университетских питомцев»), больница и аптека с бесплатной раздачей лекарств бедным. Студенты организованной ими переводческой семинарии обучались на средства, собранные масонами. Размах независимой от правительства общественной инициативы насторожил Екатерину, а заграничные масонские связи Новикова и его друзей и их попытки установить контакт с наследником Павлом переполнили чашу её терпения. В 1792 году она повелела начать расследование по делу просветителя. «Князь Александр Александрович! ...видя из ваших реляций, что Новиков человек коварный и хитро старается скрыть порочные свои деяния, а сим самым наводит Вам затруднения, отлучая Вас от других порученных от нас Вам дел, и сего ради повелеваем Новикова отослать в Слесельбургскую крепость», — приказала она 10 мая московскому главнокомандующему Прозоровскому.
Вопросы, заданные Новикову на следствии, несли отпечаток представлений императрицы о масонстве: как он обогащался за счёт обмана рядовых членов масонских лож; сколько золота было получено с помощью философского камня; насколько отступил он от православия; почему установил изменнические связи с Пруссией. Новиков не признал себя виновным в том, «чтобы против правительства какое злое имел намерение». Екатерина II, не передавая дело в Сенат, лично определила, что он виновен по шести пунктам обвинения и «по силе законов» достоин смертной казни. Собственноручный указ от 1 августа 1792 года гласил, что государыня, «следуя сродному нам человеколюбию и оставляя ему время на принесение в своих злодействах покаяния, освободили его от оной и повелели запереть его на пятнадцать лет в Шлиссельбургскую крепость».
Место у трона, освободившееся со смертью Потёмкина, занял 22-летний Платон Зубов — ротмистр Конной гвардии, «чернуша» и «резвуша», как называла его императрица в письмах. При жизни князя Таврического фаворит в дела не вмешивался; современники считали его «дуралеюшкой», но Екатерина верила в его таланты. Влияние Зубова стало расти: в 1792 году он был назначен генерал-адъютантом, в 1793-м — генерал-фельдцейхмейстером, екатеринославским и таврическим генерал-губернатором; в 1796-м стал главноначальствующим над Черноморским флотом и получил титул князя Священной Римской империи. Не имея ни знаний, ни способностей Потёмкина, Платон Александрович стал ближайшим советником императрицы и фактически сосредоточил в своих руках руководство внешней политикой России. Своими ордерами он управлял Новороссийским краем, никогда не выезжая на юг. В 1795 году он участвовал в переговорах о разделе Речи Посполитой и выдвинул масштабный проект войны с Турцией: одна армия, покорив Иран, должна была идти на Константинополь с востока, другая — через Балканы с запада. Частью этого плана стал Персидский поход (1796) под началом его брата Валериана. В 1796 году по инициативе фаворита началась перечеканка всей медной монеты с удвоением её номинала.
Государыня всё больше времени проводила в уютном придворном кругу с его домашними радостями:
