В сентябре 1801 года именным указом было возвещено об уничтожении пытки. К этому шагу Александра побудил один ставший ему известным случай, когда в Казани «взят был по подозрению в зажигательстве один тамошний гражданин под стражу, был допрошен и не признался; но пытками и мучениями исторгнуто у него признание и он предан суду». Несчастный во время наказания кнутом «призывал всенародно Бога в свидетели своей невиновности и в сём призывании умер». Государь потребовал, «чтоб нигде ни под каким видом ни в вышних, ни в нижних правительствах и судах никто не дерзал ни делать, ни допускать, ни исполнять никаких истязаний под страхом неминуемого и строгого наказания... и чтобы наконец самое название пытки, стыд и укоризну человечеству наносящее, изглажено было навсегда из памяти народной». Помимо того, царь отменил порку лиц духовного сословия и членов их семей.
Пятого апреля 1801 года был создан Непременный совет — законосовещательный орган при государе из двенадцати старых и опытных сановников его бабки (Н. И. Салтыкова, А. Р. Воронцова, братьев П. А и В. А. Зубовых, П. В. Завадовского, Г. Р. Державина и пр.). К коронации, состоявшейся в сентябре 1801 года, были подготовлены проект «Всемилостивейшей грамоты, Российскому народу жалуемой», с гарантиями основных гражданских прав подданных (свободы слова, печати, совести, личной безопасности, частной собственности и т. д.), проект манифеста о запрете продажи крестьян без земли и порядке выкупа крестьян у помещика и проект реорганизации Сената. В ходе их обсуждения выявились противоречия между членами совета, особенно по крестьянскому вопросу; сановники дали понять императору, что принятие подобного указа вызовет брожение среди дворян и может привести к новому перевороту. После этого Александр предпочитал обсуждать реформы в Негласном комитете.
Государь уважал «внешние формы свободы», но теперь уже отнюдь не отказывался от самодержавного правления. Когда Сенат на основании нового закона 1802 года «О правах и обязанностях Сената» осмелился возразить против запрета Военной коллегией увольнения унтер-офицеров из дворян ранее истечения двенадцатилетнего срока службы, как император указом от 21 марта 1803 года разъяснил: право делать «всеподданнейшие представления» относится только к актам, опубликованным до 1802 года, а все последующие указы должны приниматься Сенатом к безусловному исполнению. С учреждением министерств реальная власть перетекла в Комитет министров; министрами и их заместителями были назначены как представители екатерининской знати, так и члены Негласного комитета: министром внутренних дел стал Кочубей, а Строганов — его товарищем (заместителем); пост товарища министра иностранных дел Воронцова получил Чарторыйский, а товарища министра юстиции Державина — Новосильцев; Министерством просвещения руководил Завадовский. Поскольку «молодые друзья» теперь занимали важнейшие государственные посты, в 1803 году Негласный комитет прекратил свои заседания, а в Непременный совет поступали лишь второстепенные дела.
Острота крестьянского вопроса ещё не была осознана властью. В этом направлении она пока двигалась очень мелкими шагами. Указ от 12 декабря 1801 года предоставлял купцам, мещанам, казённым крестьянам право покупать землю, а ещё один, подписанный четырьмя днями ранее, разрешал крестьянам заниматься торговлей «с тем только, чтоб они не заводили в городах для торговли сими припасами ни магазинов, ни лавок, а производили бы продажу на рынках и других установленных для сего местах». В 1804 году было издано Положение о крестьянах Лифляндской губернии: «дворохозяева» объявлялись наследственными владельцами своих земельных наделов, за которые теперь обязаны были отбывать барщину или платить оброк в зависимости не от желания владельца, а от качества и количества земли.
Александр запретил публиковать объявления о продаже крестьян (хотя сама продажа не запрещалась), торговать крепостными на ярмарках «в розницу», ссылать их в Сибирь за маловажные проступки. Он же прекратил практику массовых пожалований казённых крестьян в частные руки, отвечая на просьбы о «деревнях»: «Русские крестьяне большею частью принадлежат помещикам; считаю излишним доказывать унижение и бедствие такого состояния, и потому я дал обет не увеличивать число этих несчастных и принял за правило не давать никому в собственность крестьян». Правда, их можно было передать на время — в аренду, что в первой половине XIX века являлось обычной наградой.
