Раздачи оказались скромнее, но всё же новым владельцам достались целые волости из дворцовых земель. Сам канцлер получил четыре тысячи душ, А. И. Шувалов — две тысячи «по его выбору», гофмаршал М. М. Измайлов — 1085, А. П. Мель-гунов — тысячу. Родственники императора — его дядя, прусский генерал Георг Людвиг Голштинский, и принц Пётр Гольштейн-Бекский — стали российскими фельдмаршалами; первый был назначен командиром Конной гвардии, второй — петербургским генерал-губернатором. Боевые генералы А. Н. Вильбуа, И. Ф. Глебов, П. А. Румянцев, 3. Г. Чернышёв, П. А. Девиер были повышены в чине. Воспитатель Павла Н. И. Панин получил чин действительного тайного советника, адъютант государя и начальник кадетского корпуса А. П. Мельгунов — генерал-лейтенанта, секретарь Конференции Д. В. Волков — действительного статского советника.
Но несмотря на эти милости собрать надёжную «команду» Петру III оказалось не под силу. Со смертью в январе 1762 года опытного П. И. Шувалова влияние его клана пошло на убыль: с упразднением Тайной канцелярии отошёл в тень брат покойного А. И. Шувалов, а бывший фаворит И. И. Шувалов, судя по его письмам, сам теперь просил поддержки у Д. В. Волкова. Пётр III разделил свой Кабинет на «хозяйственное» отделение (его по-прежнему возглавлял А. В. Олсуфьев) и личную канцелярию, что сделало Волкова одним из самых влиятельных людей нового царствования. Однако сам он признавал, что не имел отношения к «делам придворным и комнатным». На руководящие посты при дворе выдвинулись члены прежнего «молодого двора» Л. А и А. А. Нарышкины, М. М. Измайлов вместе с компанией новых камергеров из бывших камер-юнкеров.
Министры Конференции во главе с канцлером представили императору проект указа о её сохранении «на прежнем основании». Опытный канцлер в своих докладах разъяснял, что «перемена системы» потребует согласованных действий всех ведомств и с ликвидацией Конференции эту роль не смогут взять на себя ни Сенат, ни Коллегия иностранных дел. Но Пётр решил иначе — 20 января Конференция была упразднена. Самого канцлера царь называл «французом», что в его устах можно считать ругательством.
Опытный канцлер оказался прав. В мае 1762 года Петру III пришлось срочно создавать очередной координационный орган — Императорский совет с правом принимать без его участия решения по делам «меньшей важности». В состав совета вошли Д. В. Волков, Георг Людвиг Голштинский и Пётр Голыитейн-Бекский, возвращенный из ссылки Б. X. Миних, М. Н. Волконский, бывшие члены Конференции Н. Ю. Трубецкой и М. И. Воронцов, А. Н. Вильбуа, новый любимец императора А. П. Мельгунов, но зато не попали гетман К. Г. Разумовский, сенатор и отец фаворитки Р. И. Воронцов и генерал-прокурор Глебов. Можно предположить, что отстранение этих лиц стало одной из причин, приведших их на сторону Екатерины.
Перетасовка кадров и непродуманные решения усилили нестабильность в правящем кругу и, что важнее, не привели к созданию единого «штаба» в условиях начавшихся реформ. Им не стали ни Сенат, ни Кабинет, ни распущенная Конференция, ни даже Императорский совет, мнение членов которого Пётр III не всегда принимал во внимание.
Ключевые должности в центральном аппарате управления и губерниях сохраняли назначенные при Елизавете лица. Скромные перемены на статской службе Пётр компенсировал чинопроизводством военных: весной 1762 года появились семь новых генерал-аншефов, 23 генерал-лейтенанта и 62 генерал-майора — больше, чем за всё предыдущее царствование. Пристрастие к военным приводило к тому, что генералами становились придворные (Нарышкины, Дараганы) или назначенный начальником Канцелярии от строений И. И. Бецкой. Можно полагать, что массовым пожалованием император стремился обеспечить себе опору в армии перед планировавшейся войной с Данией. В один день (30 апреля) были отправлены в отставку руководители Адмиралтейств-коллегии генерал-адмирал М. М. Голицын, адмиралы 3. Мишуков и А. Головин, генерал-кригскомиссар Б. В. Голицын и контр-адмирал Д. Я. Лаптев. Адмиралом стал В. Льюис, вице-адмиралом — С. Ф. Мещерский, контр-адмиралом — А. И. Нагаев; контр-адмирал В. И. Ларионов был назначен генерал-кригскомиссаром. Главным по морскому ведомству Пётр III сделал произведённого им в вице-адмиралы С. И. Мордвинова, несмотря на наличие старших по званию.
