Объявленная секуляризация вообще не имела механизма реализации: только 21 марта 1762 года новый указ предписал создать при Сенате Коллегию экономии и отправить офицеров для описания церковных и монастырских вотчин, а инструкция им была готова лишь к середине апреля; сенатский указ поступил к монастырским властям только к лету. В итоге до самого свержения Петра III реформа так и не началась.
Составленная уже при Екатерине II сенатская ведомость об исполненных и неисполненных письменных и словесных указах её предшественника показала, что «неучинёнными» оказались не только секуляризационная реформа, но и указ о понижении пробы серебряных монет, и снижение цены на соль, и отмена каторги в Рогервике, и распоряжения о полицмейстерах, о «произвождении в секретари из приказных чинов» и другие повеления императора.
Некоторые из его распоряжений тут же приходилось корректировать. Так, указ о свободе торговли хлебом вызвал протест лифляндского губернатора Ю. Ю. Броуна в связи с неурожаем на подвластной ему территории, а Сенат представил подробный доклад, где указывал на невозможность свободного вывоза хлеба из Сибири. Другие царские инициативы тормозились сенаторами, которые предполагали эти акты «предложить впредь к рассуждению», тем более что многие важные указы, в том числе о «вольности» дворянства, издавались без их участия. В мае сенаторы осмелились прямо возражать государю: указывали на невозможность немедленного изыскания огромных сумм на войну и ошибочность запрещения покупки меди для монетных дворов в то время, когда намечался массовый выпуск медных денег. В ответ царь запретил Сенату выступать с толкованием законов.
Архиереи издавали повеления во исполнение императорских указов, а затем саботировали их. Распоряжение о закрытии домовых церквей вызвало протест даже ближайших к Петру лиц. В результате храмы были оставлены в домах Н. Ю. Трубецкого, М. И. Воронцова и «генеральши Мельгу-новой», что могло, пожалуй, только дискредитировать царя и его любимцев. Пётр посылал в Синод упрёки в неправосудии и «долговременной волоките» и повелевал: «Нашим императорским словом чрез сие объявляю, что малейшее нарушение истины накажется как злейшее государственное преступление, а сей указ не токмо для всенароднаго известия напечатать, но в Синоде и к настольным указам присовокупить»31.
В ответ по столице стали распространяться слухи о приказе императора уничтожить большинство икон в храмах и обрить бороды священникам (на деле же ничего подобного ни среди устных, ни среди письменных распоряжений Петра III нет). Но главной заботой императора весной 1762 года была война.
Штелин считал апрель рубежом в политике своего бывшего ученика: с момента переезда в новый Зимний дворец тот лишь утром занимался государственными делами, а всё остальное время посвящал заботам об армии. Император видел себя восстановителем отечества, которым прежде всего считал родную Голштинию. Но для этого надо было прекратить затянувшееся противостояние с Пруссией, которое Пётр III считал принципиально ошибочным.
Этот шаг не был неожиданным для окружения царя. 23 января в докладе о международном положении страны Воронцов напомнил Петру об имевшихся договорах и их преимуществах для России (в виде австрийских субсидий и гарантий присоединения Восточной Пруссии) и предложил взять на себя почётную роль посредника-миротворца. С точки зрения канцлера, все участники конфликта, в том числе и Англия, истощены войной; необходимо объявить союзникам о «новой системе» и «заставить каждого уменьшить свои требования».
Но император предпочёл действовать проще — приказал отозвать корпус 3. Г. Чернышёва из австрийской армии. Почувствовавший конъюнктуру главнокомандующий П. С. Салтыков доложил, что согласился на предложенное противником перемирие, не дожидаясь указа из Петербурга. Такой рескрипт немедленно последовал, и переговоры завершились 5 марта подписанием перемирия.
Салтыков докладывал в Петербург о невыплате армии жалованья за 1761 год. Но Пётр уже 18 февраля повелел Военной коллегии полностью укомплектовать людьми и лошадьми Померанский корпус. Его командир П. А. Румянцев был вызван в столицу, где получил рескрипт о подготовке войск «к известному назначению» — войне с Данией, которая, по утверждению Волкова, «всегда была решённым делом».
