Тем временем в Глухов прибыла Малороссийская коллегия с президентом бригадиром Степаном Вельяминовым, который сразу же занял враждебную позицию по отношению к казацкой старшине. Вельяминов точно понял и исполнял замысел Петра: рассматривать Украину как неотъемлемую часть Российской империи без всяких особенных льгот и привилегий. В одной из стычек с наказным гетманом Вельяминов в гневе проговорился: " ... ваши давние права отменить велено, а с вами - поступать по новому!" После этого последовало новое обращение в Сенат с жалобой на президента Малороссийской коллегии, в которой содержалась традиционная просьба о возврате прежних свобод. Но Малороссийская коллегия в свою очередь тоже пожаловалась на Полуботка и старшину в нарушении императорских указаний. Дело в том, что введением Малороссийской коллегии царское правительство разрешало всем слоям населения жаловаться на деятельность наказного гетмана и всей казацкой верхушки. И поток жалоб не заставил себя ждать. И не просто жалоб, а прямых выступлений против злоупотреблений новых, теперь уже украинских, панов. Полуботок направлял универсалы, направленные на успокоение хлопов и призывал повиноваться своим помещикам, что вызывало резкое возражение Малороссийской коллегии, считавшей такие действия противоправными.
Так что император имел все основания начать расследование малороссийского конфликта, для чего он вызвал в Петербург самого Полуботка, генерального писаря Семена Савича и генерального судьи Ивана Чарныша. Сохранились протоколы допросов вызванных, анализ которых показывает, что обвиняемые старались опровергнуть нападки коллегии и доказать, что действовали вполне в соответствии, как бы сейчас сказали, с действующим законодательством. Но дело повернулось совершенно неожиданным образом. Еще ранее в августе 1723 года в Тайную канцелярию поступил донос псковского епископа, украинца по происхождению Феофана Прокоповича на Полуботка, в котором наказной гетман обвинялся в государственной измене. Речь шла о том периоде, когда "гетман в изгнании" Филипп Орлик с крымскими татарами вошел в пределы Украины и искал контактов с влиятельным Полуботком. По этому поводу царь в то время распорядился провести расследование, которое не было завершено. Во время допросов в Тайной канцелярии подъячие проговорились задержанным малороссам о тайном деле против Полуботка. Тому удалось отправить в Украину доверенного человека с инструкциями старшине как отвечать в случае нового дознания по старому делу. В те же дни Петру была вручена челобитная жалоба якобы от всего украинского казачества о ликвидации Малороссийской коллегии и о выборах нового гетмана. Эта челобитная была, действительно, написана казаками, которых в целях предосторожности вывел в степь начальник российских войск в Украине князь Голицын после отъезда Полуботка в Петербург. Император, узнав об утечке информации в Тайной канцелярии и, получив челобитную, в гневе распорядился препроводить арестованных в Петропавловскую крепость, что и было сделано в ноябре 1723 года.
Тем временем император направил в Малороссию доверенного человека Румянцева с заданием узнать, действительно ли казаки подписывали эту челобитную. Но, как и следовало ожидать, большинство опрошенных, поняв что от них хотят, заявили, что ничего не знают о челобитной. Кончилось все это печально и привычно: наказной гетман Павло Полуботок умер в Петропавловской крепости спустя год после ареста, а другие арестованные были освобождены только после смерти Петра I.
До сих пор историки дискутируют о личности Полуботка и его роли в описанных событиях. Но приходится признать, что общий ход действий Петра I в отношении Украины свидетельствует, что император сознательно вел дело к ликвидации гетманского правления, поскольку абсолютизм самодержавной власти не был совместим с самоуправлением в отдельной части российской империи. Именно проведение такой политики привело к тому, что наказной гетман Павло Полуботок стал жертвой абсолютистских устремлений императора.
