Именно это было причиной того, что Екатерина в ноябре 1764 года своим указом ликвидировала гетманство в Украине и вновь ввела "Малороссийскую коллегию", которая состояла из четырех украинских и четырех русских представителей. Возглавил Коллегию граф Петр Румянцев. Кирилл Разумовский получил от императрицы отступного: большую пенсию и огромные поместья в Украине, где и прожил еще 40 лет, окончательно отстранясь от государственной деятельности.
Екатерина II, посылая главу Малороссийской Коллегии генерал-губернатора Петра Румянцева, сопроводила его тайной инструкцией, в которой излагала свои взгляды на будущее Украины. В ней она писала, что Малороссия - очень богатый край, но в силу наличия в ней автономных порядков никакой пользы от нее Российская империя не имела. Далее императрица подчеркивала, что между украинцами и россиянами существуют неприязненные отношения, особенно это заметно в среде украинской старшины, которая думает о свободе и своих привилегиях и поддерживает в украинском народе недоверие к России. Поэтому главной задачей нового правительства является ликвидация всех отличий в гражданском правлении Малороссии и превращение ее в обычную российскую провинцию. Лучший способ решения этой задачи, по мнению императрицы, - сделать так, чтобы все видели, что российская администрация и суд лучше, чем это было при правлении украинских гетманов и казацкой старшины. Екатерина II утверждала, что когда народ увидит, что его освободили от власти маленьких тиранов, то будет благодарен и примирится с новыми порядками.
Работа Коллегии началась с того, что она постановила: 1) провести перепись и сделать ревизию для упорядочения взимания налогов; 2) запретить посполитым свободный переход с места на место (фактически вводя крепостничество); 3) проводить политику разделения простых людей и шляхетской верхушки, демонстрируя защиту царским правительством простых людей от украинских панов и старшин. В июле 1765 года последовал новый указ, ликвидировавший систему казацкого самоуправления в Слободской Украине. В тот же год запорожская делегация, возглавляемая кошевым атаманом Петром Калнишевским, прибыла в Петербург и подала прошение о том, чтобы рассмотрение вопросов, касающихся Сечи, происходило не в Малороссийской коллегии, а в Коллегии иностранных дел. При этом делегация в качестве аргументов в пользу своей позиции ссылалась на грамоту короля Стефана Батория от 1575 года и универсал Богдана Хмельницкого от 1655 года. Екатерина обещала запорожцам решить их проблемы, но было видно, что это не входит в приоритеты ее самодержавного правления.
Выборы в Комиссию по разработке нового Уложения. Свод Российских законов под названием "Уложение" последний раз был разработан и принят в 1649 году при царе Алексее Михайловиче. Петр I еще в 1700 году решил привести Уложение в соответствие с требованиями дня и накопленным опытом. На протяжении десятков лет над разработкой нового Уложения работало множество комиссий, но до конца дело так и не удалось довести. Екатерине предстояло завершить эту работу, тем более, что эта задача соответствовала ее политическим взглядам. В декабре 1766 года Екатерина выпустила манифест о созыве депутатов в Комиссию для разработки нового Уложения. В нее должны были войти как представители различных правительственных учреждений, так и выборные представители от различных слоев российского общества. Представительство определялось четырьмя депутатами от провинций всех двадцати российских губерний. Выборным делегатам было предоставлено право внесения предложений и изложения жалоб. И если в российских губерниях выборы представителей проходили достаточно спокойно, то в Украине этот процесс вызвал волнения, связанные с накопившимися противоречиями:с одной стороны между великорусским правительством и малороссийским обществом в целом, а с другой - между его различными слоями. То есть между шляхетством и мещанством, а также между простыми казаками и старшиной, превратившейся в крупных землевладельцев. Запорожское казачество также приняло участие в выработке положений, делая очередную попытку добиться как можно больше прав.
