Иван IV понимал, в какие руки передает власть, поэтому поручил сына и государство заботам ближних бояр — И.Ф. Мстиславского, Н.Р. Захарьина-Юрьева, И.П. Шуйского и Б.Ф. Годунова, на сестре которого Ирине Фёдор был женат. Первые двое были людьми уже преклонных лет, поэтому основная борьба за власть разгорелась между Шуйским и Годуновым. Последнему удалось одержать верх, и уже спустя год после вступления Фёдора на престол он стать фактическим правителем страны.
Вскоре сменился и король Речи Посполитой. Стефан Баторий стремился к укреплению королевской власти, вел борьбу с магнатами, оказывал поддержку католическому духовенству и иезуитам в противостоянии реформационным движениям и развитию образования. Некоторое время он был союзником Турции, но затем участвовал в создании антитурецкой лиги. Из внутренних реформ, проведенных Стефаном Баторием, особого внимания заслуживает устройство запорожских казаков, которым он дал правильную организацию, наделил землями, позволил самим выбирать гетмана и все военное начальство, оставляя за королем лишь право наделения гетмана знаменем, «булавой» и печатью, а также утверждения его в этой должности после принятия присяги на верность. Желая восстановить не только политический, но и духовный мир в Речи Посполитой, Баторий старался достичь соглашения с диссидентами католичеству, причем не прибегал к насилию.
Управляя страной без знания языков своих подданных (король пользовался латынью), Стефан Баторий регулярно декларировал свою личную приверженность католицизму. При этом для осуществления своих многочисленных реформ он остро нуждался в грамотных исполнителях. Таких людей королю могла дать только эффективно работающая система школ, и ее он увидел у иезуитов. Первый иезуитский коллегиум на территории ВКЛ появился в Вильне в 1570 году. Второй Баторий учредил у себя на родине, в Коложваре, (Kolozsvar) в 1579 году, а в течение следующих 5 лет иезуитские коллегиумы появились в Люблине (1581), Полоцке и Риге (1582), Калише (1583), Несвиже и Львове (1584), а также в Дерпте (1586). Для основания коллегиумов в Гродно и Бресте тогда не хватило кадровых ресурсов у иезуитского ордена и времени жизни у самого короля. Кроме того, в 1579 году было упорядочено денежное обращение — главным платежным средством в стране стал польский грош.
В связи с преимущественно восточной направленностью внешней политики Стефана Батория важнейшим приоритетом для него стало развитие инфраструктуры государственного управления в границах Великого княжества Литовского. Собираясь перенести столицу Речи Посполитой в Гродно, а свою резиденцию в Старый замок этого города, перестроенный тогда в стиле ренессанс, Стефан Баторий активно поддерживал планы иезуитов по расширению образовательных учреждений на территории ВКЛ. Так, 1 апреля 1579 года он издает привилей о преобразовании Виленского иезуитского коллегиума в Академию и университет Виленский Общества Иисуса (Almae Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu), а уже 30 октября 1579 года папа римский Григорий XIII специальной буллой подтвердил этот привилей. Виленский университет стал первым высшим учебным заведением такого типа на территории Восточной Европы. Вторым восточноевропейским университетом стал Дерптский (ныне Тартуский) университет, основанный шведским королем Густавом II Адольфом в 1632 году на базе бывшей иезуитской коллегии, тоже учрежденной во времена правления Стефана Батория. Не исключено, что именно его увлеченность делами Великого княжества Литовского ускорила уход этого короля в мир иной в сравнительно молодом возрасте. Стефан Баторий умер 12 декабря 1586 года в Гродно в возрасте 53 лет. А спустя год польским королем и великим князем Литовским был избран Сигизмунд III (в старобелорусской транскрипции Жигимонт III) Ваза, сын короля Швеции Юхана III и его жены Катерины Ягеллонки, ставший одним из главных действующих лиц Русской Смуты начала XVII века.
