В жизнь Москвы вошли неслыханные новшества, например, в Кремле был сооружен водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки и по подземелью поступала на Конюшенный двор. Андрей Чохов отлил знаменитую Царь-пушку. В 1592 году на месте современного Садового кольца появилась еще одна линия московских укреплений, деревянно-земляное сооружение, прозванное за быстроту постройки «скородомом». Одновременно Годунов стремился облегчить положение посадских людей. С этой целью торговцы и ремесленники, проживавшие в «белых» (частновладельческих) слободах и платившие подати феодалам, были причислены к населению «черных» слобод, платившему налоги государству, Причем размер «тягла», взимавшегося со слободы в целом, был оставлен прежним, а доля отдельного горожанина в нем уменьшилась. В то же время хозяйственный кризис конца 1570-х — начала 1580-х годов вынудил Годунова пойти на установление крепостной зависимости, что в дальнейшем не лучшим образом сказалось на настроениях крестьянства и стало одной из причин антифеодального восстания 1602–1605 годов. Во внешней политике Московскому государству в ходе войны со Швецией 1590–1595 годов, что называется, без лишнего шума и пыли удалось вернуть города Ям, Ивангород, Копорье и Корела, потерянные в ходе неудачной Ливонской войны.
Наследником престола, однако, был младший брат царя Фёдора Дмитрий, сын седьмой жены Ивана Грозного Марии Нагой, который погиб 15 мая 1591 года при невыясненных обстоятельствах в удельном городе Угличе. Официальное расследование проводил боярин Василий Шуйский. Стараясь угодить Годунову, он свел причины случившегося к «небрежению» Нагих, в результате чего Дмитрий случайно заколол себя ножиком, играя со сверстниками. Царевич, по слухам, был болен «падучей» (эпилепсией). Позже в организации убийства Дмитрия обвинили Бориса Годунова. Во времена Романовых это утверждение стало чуть ли не официальной версией. Не исключено, что это было действительно так — Дмитрий был прямым наследником престола и мешал Борису в продвижении к нему.
После смерти Фёдора Иоанновича единственной близкой наследницей престола осталась троюродная сестра покойного Ивана Грозного Мария Старицкая, королева Ливонская, а в постриге инокиня Марфа (1560–1612). Попытки назначить правящей царицей вдову умершего царя Фёдора Ирину — сестру Бориса успеха не имели. Наконец, 27 февраля 1598 года Земский собор избрал царем самого Бориса Годунова и принес ему присягу на верность, а 1 сентября 1598 года он венчался на царство. Вместе с тем, как первый царь не из династии Рюриковичей и даже не из княжеского рода, Борис Годунов не мог не чувствовать шаткости своего положения. Тем более что претендентов на его место из числа родовитой московской знати было не счесть.
По своей подозрительности Борис Годунов немногим уступал Ивану Грозному. Поэтому, взойдя на престол, он принялся сводить личные счеты с боярами. По словам современника, «цвел он, как финик, листвием добродетели и, если бы терн завистной злобы не помрачал цвета его добродетели, то мог бы он древним царям уподобиться. От клеветников изветы на невинных в ярости суетно принимал, и поэтому навел на себя негодование чиноначальников всей Русской земли: отсюда много ненасытных зол на него восстали и доброцветущую царства его красоту внезапно низложили».
Особенно усиливается подозрительность царя начиная с 1600 года, когда поползли темные слухи, будто царевич Дмитрий жив. Первой жертвой подозрительности Бориса стал Богдан Бельский. В 1601 году по ложному доносу пострадали братья Романовы. Старший из них, Феодор Никитич, был сослан в Сийский монастырь и пострижен под именем Филарет; его жену постригли под именем Марфа и сослали в Толвуйский Заонежский погост, а малолетнего сына их, Михаила (будущего царя), на Белоозеро. В общем, движение к Смуте прогрессировало, поскольку при всех успехах своей реальной политики Борис Годунов не сумел консолидировать правящий класс. Особенно родовитое боярство, которое давно чувствовало себя ущемленным и все более заинтересованно поглядывало в сторону Великого княжества Литовского и Польши, где власть монарха была существенно ограничена конституцией, предоставлявшей магнатам и шляхте такие права, которые московской знати даже и не снились. Но об этом знали, да и попытки заключения унии между Речью Посполитой и Московским государством предпринимались неоднократно.
