Со слов самого Ивана Грозного, Фёдор был «постник и молчальник, более для кельи, нежели для власти державной рожденный». В браке с Ириной Фёдоровной Годуновой этот царь имел всего одну дочь Феодосию 1592 г.р., которая прожила всего девять месяцев и скончалась в том же году. В конце 1597 года Фёдор I смертельно заболел, а 7 января 1598 года в час утра скончался. Со смертью Фёдора, в общем-то, доброго, но жалкого и убогого человека, не только пресеклась московская линия династии Рюриковичей (потомство Ивана I Калиты), но и завершилась целая эпоха, «прирожденных государей» на престоле. Причем имя царя Фёдора I стало особенно популярно в годы Смуты, когда каждый самозванец на московский трон так или иначе стремился стать либо его «родным братом», либо другим «близким родственником». Да и в народном сознании Фёдор оставил о себе добрую память как боголюбивый и милостивый государь. Хотя в этом, скорее, не его заслуга, а его шурина Бориса Фёдоровича Годунова, который уже с 1587 года являлся фактически единоличным правителем государства. Положение Бориса Годунова при царском дворе было столь значимо, что заморские дипломаты искали аудиенции именно у Бориса Годунова, так как его воля была законом. Фёдор царствовал, Борис управлял — это знали все и на Руси, и за границей.
По легенде, Годуновы происходили от татарского князя Чета, приехавшего на Русь во времена Ивана Калиты, а согласно государеву родословцу 1555 года — вели свое происхождение от Дмитрия Зёрна. Борис Годунов родился в 1552 году в семье помещика средней руки, но после его скорой смерти воспитывался в семье дяди Дмитрия Годунова. В годы опричнины Вязьма, где находились его владения, вошла в опричнину, а незнатный до того Дмитрий Годунов был зачислен в опричный корпус и вскоре получил при дворе высокий чин главы Постельного приказа. Выдвижение Бориса Годунова началось в 1570 году. Тогда он сам стал опричником и уже в 1571 году был дружкой на свадьбе царя с Марфой Собакиной. В том же году Борис женился на Марии Григорьевне Скуратовой-Бельской, дочери Малюты Скуратова. В 1578 году Борис Годунов становится кравчим, а еще через два года после женитьбы второго царского сына Фёдора на сестре Годунова Ирине Иван Грозный пожаловал Бориса званием боярина.
Годунов был умен и осторожен, стараясь до поры до времени держаться в тени, но в последний год жизни Ивана Грозного обрел большое влияние при дворе. Вместе с Б.Я. Бельским он стал одним из приближенных людей царя. В связи с этим не вполне ясна роль Годунова в истории смерти Ивана IV, который, по свидетельству Д. Горсея, был удушен 18 марта 1584 года. Во всяком случае, именно Годунов и Бельский находились рядом с царем в последние минуты его жизни, они же с крыльца и объявили народу о смерти государя.
31 мая 1584 года в день коронации царя Фёдора I Борис Годунов был осыпан милостями: получил чин конюшего, звание ближнего великого боярина и наместника Казанского и Астраханского царств. Однако это отнюдь не означало того, что Годунов стал обладателем единоличной власти — при дворе шла упорная борьба боярских группировок Годуновых, Романовых, Шуйских, Мстиславских. Она не затухала и после того, как в 1585 году Борис Годунов по существу возглавил московское правительство.
Деятельность Годунова и его сподвижников была нацелена на всестороннее укрепление государственности. Благодаря его стараниям, в 1589 году в Москве был избран первый русский патриарх, которым стал московский митрополит Иов. Учреждение патриаршества свидетельствовало о возросшем престиже Московского царства. Во внутренней политике правительства Годунова преобладали здравый смысл и расчетливость. Развернулось небывалое строительство городов, крепостных сооружений. В 1585–1591 годах зодчим Фёдором Конем были возведены стены и башни московского Белого города протяженностью 10 километров, толщиной 4,5 метра и высотой от 6 до 7 метров.
По инициативе Годунова началось строительство крепостей в Диком поле — в 1585 году была построена крепость Воронеж, в 1586 году — Дивны. Для обеспечения безопасности водного пути от Казани до Астрахани строились города на Волге — Самара (1586), Царицын (1589), Саратов (1590). В 1592 году был восстановлен город Елец, в 1596 году построен город Белгород на Донце, а в 1600 году — Царёв-Борисов, немного южнее него. Началось заселение и освоение опустевших во время татарского ига земель к югу от Рязани (территория нынешней Липецкой области). В Сибири в 1604 году был заложен город Томск. В 1596–1602 годах было построено и одно из самых грандиозных архитектурных сооружений допетровской Руси — Смоленская крепостная стена для защиты западных рубежей Московского царства от Речи Посполитой, названная впоследствии «каменным ожерельем земли Русской».
