После отделения западнорусской церкви от Московской митрополии она, как известно, осталась в зоне влияния константинопольского патриарха, находившегося после падения Византийской империи в трудном и унизительном положении. В условиях турецкого владычества ему нелегко было руководить западнорусской православной церковью и защищать ее интересы, хотя он и пытался делать для этого все возможное. Между тем православная церковь в Польше и ВКЛ остро нуждалась в подобной защите, поскольку существовала в рамках двух государств, где римско-католическая церковь занимала привилегированное положение. Ситуация для православия стала еще более неблагоприятной после образования Речи Посполитой, когда украинские области Великого княжества Литовского и Русского отошли к Короне Польской, а само это княжество ужалось до границ нынешних Беларуси и Литвы. Король Польши и он же великий князь Литовский вмешивался в жизнь западнорусской церкви часто и во многих отношениях. Прежде всего, он имел возможность выдвигать кандидата и назначать его на должность православного митрополита западнорусской церкви (Киевской метрополии), тогда как в отношении римско-католической церкви в Польше и ВКЛ назначение нового епископа становилось, как правило, результатом консенсуса между королем и папой римским.
Кроме того, благодаря своему праву патронажа король обладал обширными полномочиями в церковной администрации. Право патронажа тогда существовало в практике всех римско-католических государств Европы, включая Польшу. Но необычность ситуации в отношении православной церкви в ВКЛ заключалась в том, что это право принадлежало суверену иного религиозного вероисповедания и приводило к разнообразным злоупотреблениям.
Патронаж над приходскими церквями и монастырями осуществлялся не только королем, но также дворянами и городами.
Первоначально право патронажа над конкретной церковью или монастырем принадлежало тому феодалу или городу, кто выстроил эту церковь (или монастырь). Чтобы обеспечить жизнедеятельность такой церкви или монастыря, патрон часто даровал им земельные угодья, но сохранял за собой право выбирать настоятеля (или аббата). Частные основатели православных монастырей и церквей, как правило, сами были тоже православными, да и короли с великими князьями первоначально часто основывали православные монастыри с целью поддержки колонизации определенных земель, например в Галиции и Южной Украине. Однако пользование земельными угодьями, которыми наделялись монастыри или церкви, было подчинено общим законам страны. Поэтому такое угодье, включая расположенный на его территории храм, запросто могло быть заложено, продано или обменяно на другое, причем новый его владелец вместе с землей приобретал и право патронажа над церковью. Так что неправославный человек нередко становился патроном православного монастыря или церкви.
Назначенные королем высшие должностные лица западнорусской православной церкви — митрополиты тоже были далеки от идеала. Так, из пяти митрополитов в период между 1534–1585 годами один был обязан королеве Боне, так как получил свою епархию благодаря ее вмешательству. Другой был почти неграмотным, еще один — двоеженцем. Во многих случаях митрополиты ссорились с епископами, причем обе стороны, жалуясь королю, давали ему дополнительные поводы вмешиваться в дела церкви. Из всех митрополитов, действующих в названные годы, лишь один был хорошим администратором, достаточно умело обеспечивая материальные потребности церкви. Но и только! Никто из названных митрополитов не стал духовным лидером верующих.
Загнивание западнорусской православной иерархии, правда, не означало, что сама эта церковь тоже умирала. Среди приходских священников, монахов и прихожан было много добросовестных христиан и честных людей. Количество членов православной общины постоянно росло, а процентное отношение приходов к количеству верующих, особенно в сельских районах, было даже выше, чем в Московской Руси того периода. Но так как в церковной иерархии ВКЛ царила полная неразбериха, то православие в Литовской Руси поддерживалось, как правило, мирянами, стремившимися защитить свою веру и просвещение. Активными поборниками православия были и многие вельможи. В частности, князья Острожские и Ходкевичи, а также объединения горожан, известные как братства.
