Об отношении к протестантизму крестьян можно только догадываться. К примеру, в Новогрудском повете, где сотни православных церквей перестали действовать, крестьяне, скорее всего, тоже были лишены общения с православными священниками. Выражали ли они свое негодование по этому поводу, неизвестно. Но если судить по позднейшему противостоянию крестьянского сословия Брестской унии, можно обоснованно утверждать, что в массе своей оно было гораздо менее расположено менять свою религиозную принадлежность, нежели дворянство. Во всяком случае, современное население Новогрудского района Беларуси и его ближайших окрестностей почти сплошь является православным. Нет свидетельств и о том, что православные приходские священники были сколько-нибудь глубоко затронуты протестантизмом — большинство из них остались верными православию.
Главной слабостью протестантского движения в Великом княжестве Литовском стало отсутствие единства среди его последователей. Каждое из основных протестантских направлений — лютеранство, кальвинизм и антитринитаринизм — достаточно быстро распадалось на большое количество малых общин или сект. В одной только Вильне в 1592 году действовали 72 различные протестантские общины. Поэтому укоренение протестантизма в Польше, Литве и Западной Руси можно в какой-то степени приписать лишь высокому интеллектуальному уровню и честности как его иностранных лидеров, так и выходцев из коренного населения.
Но на первых порах ни католики, ни православные в ВКЛ не могли противостоять протестантскому движению на достойном интеллектуальном уровне. Римская церковь, озабоченная распространением протестантства, настаивала на его искоренении. В 1557 году король Сигизмунд Август издал указ, запрещающий превращение католических церквей в протестантские молельные дома. Семью годами позже он обнародовал еще два указа — в первом объявлял об изгнании из страны всех иностранцев, проповедующих отказ от католицизма, а во втором убеждал своих подданных поддерживать католическую веру. Но тогда это помогло мало.
Как оказалось, римский католицизм следовало спасать не путем подавления еретиков (по крайней мере не только подобными мерами), а с помощью энергичных духовных усилий и завоевания интеллектуального лидерства. Такое лидерство смогли обеспечить иезуиты, появление которых в Польше относится к 1564 году, а в ВКЛ — к 1569 году. Главный упор иезуиты сделали на образование элиты и в течение 20 лет сумели создать целый ряд превосходных школ и университетов, куда стремились отправить своих детей даже не католики. Первое иезуитское училище в ВКЛ было основано в 1570 году в Вильне. Спустя восемь лет оно разрослось до университета, называвшегося тогда академией. Параллельно шло интенсивное создание иезуитских средних учебных заведений практически во всех крупных городах княжества. Помимо школ и коллегиумов иезуиты организовывали католические общины и братства, устраивали публичные религиозные церемонии, привлекавшие тысячи участников и зрителей, проводили открытые религиозные диспуты, ведя спор как с православными, так и с протестантами. В результате их умелой пропаганды и напора дворянство, особенно молодое поколение, начало вновь склоняться к католицизму.
В 1574 году католиком стал старший сын Николая Радзивилла Чёрного — Криштоф (тогда ему было 25 лет). В 18 лет примеру старшего брата последовал другой сын Николая Чёрного — Юрий. На следующий год папа римский назначил его заместителем епископа, а в 1579 году и Виленским епископом. Став епископом, Юрий развернул бурную деятельность в защиту католичества — организовал в Вильне аутодафе и подверг публичному сожжению антикатолические книги, многие из которых были изданы его покойным отцом. Из числа представителей видных православных родов католиками вскоре стали старший сын князя Константина Острожского Януш и единственный сын князя Андрея Курбского Дмитрий. А в 1576 году Польша и Литва превратились в оформившиеся иезуитские «области». Поэтому когда Стефан Баторий в 1579 году занял Полоцк, то немедленно основал там иезуитский колледж и отдал иезуитам все, кроме одной, православные церкви, включая все полоцкие православные монастыри с принадлежащими им земельными угодьями. Варшавский сейм 1585 года одобрил эти действия короля.
В своей антиправославной пропаганде значительное внимание иезуиты уделяли проведению в жизнь идеи церковной унии. В 1577 году в католической типографии, основанной в Вильне Николаем Криштофом Радзивиллом, была издана на польском языке книга Петра Скарги «О единстве церкви божьей». В том же году иезуит Антонио Поссевино основал в Риме Русскую семинарию, где молодые отпрыски православных шляхетских родов ВКЛ воспитывались в католическом духе. В 1583 году в Риме был опубликован русский перевод католического христианского устава Петра Канизиуса, а в Вильне в 1585 году на русском языке вышел в свет католический катехизис.
