Противники Годунова попытались устроить переворот. Во главе заговора встал Иван Федорович Мстиславский. По плану Бориса должны были убить на пиру у Мстиславского. Однако убийца был схвачен и во всем сознался. Публичного суда над заговорщиками не было. Летом 1585 г. И. Ф. Мстиславского насильно постригли в монахи и сослали в отдаленный монастырь, однако за его сыном Федором Ивановичем Мстиславским сохранили место председателя Боярской думы и все родовые вотчины. Опалам подверглись Куракины, Воротынские, Голицыны. Не пострадали только Шуйские, хотя их руководящая роль в борьбе с Годуновыми была очевидна. Тем не менее можно предположить, что покушение на убийство было инсценировано самим Борисом Годуновым, ищущим лишь повод для расправы над своими политическими противниками. Как человек, прошедший «опричную» школу и сумевший выжить, Годунов хорошо усвоил правила, по которым можно было «справедливо» бороться с боярской крамолой, не вызывая никаких подозрений и осуждения.
Теперь же во главе борьбы с Борисом встали князья Шуйские. Весной 1586 г. Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. Они сумели привлечь на свою сторону московских купцов и «черных людей». По Москве стали распускаться слухи, что Борис Годунов хочет извести царя Федора. Но разбушевавшаяся чернь вышла из-под контроля Шуйских, и они, испугавшись, решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. Это был очень честолюбивый церковный иерарх, также мечтавший стать правителем при набожном царе Федоре. С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские примирились с Годуновыми. Как сообщает автор «Нового летописца», из толпы вышли два купца и сказали боярину: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасти и нам погибнуть». И в ту же ночь, со слов того же летописца, эти два купца пропали.
На некоторое время боярская борьба за власть затихла. Но клан Шуйских готовил новый удар. Их план заключался в том, чтобы, использовав бездетный брак царя Федора, обвинить в «неплодии» царицу Ирину, сестру Бориса, и потребовать развода у царя. Успех этого плана означал бы конец политической карьеры Бориса Годунова. План этот давал возможность Шуйским разнить агитацию среди населения и изобразить себя как заботящихся о благе государства и царской династии. Шуйских поддержал митрополит московский и всея Руси Дионисий.
Вскоре царю Федору было подано прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Это прошение было подписано главой тогдашней оппозиции князем Иваном Шуйским, рядом членов Боярской думы, митрополитом Дионисием, епископами и вождями посада.
Однако заговорщики недооценили характер Федора. Как мы помним, еще Иван Грозный пытался развести сына, но натолкнулся на решительный отказ. Теперь же развода требовал не свирепый отец, а всего-навсего поданные. Царь категорически отверг идею развода. Этот вопрос был снят. Но Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан в начале 1587 г. Правительство оказалось в опасности. Властям пришлось даже отсиживаться в кремле в осаде от «заворовавшихся» мужиков. Тем не менее мятеж был подавлен. Расправа над побежденными на сей раз была жестче.
Семь купцов, сторонников Шуйских, были публично казнены у Кремлевской стены. Десятки торговых людей сосланы. Митрополит Дионисий был лишен кафедры и сослан в монастырь, уступив место ставленнику Бориса Годунова, Иову. Князья Шуйские были отправлены в ссылку. Ивана Петровича Шуйского, главу клана, постригли в монахи и отправили на Белоозеро, где он вскоре и умер. Поговаривали, что его так попарили в бане, что он угорел.
С этого момента положение Бориса Годунова окончательно упрочивается, не осталось ни одного из членов регентского совета — конкурентов Бориса на власть. Он становится признанным фактическим правителем государства.
Свое положение правителя государства Борис Годунов закрепил и юридически. Ему был присвоен исключительный по пышности титул «правителя, слуги и конюшего боярина и дворового воеводы и содержателя великих государств, царства Казанского и Астраханского», то есть наместника казанского и астраханского. Наконец, Годунов получил право непосредственных сношений с иностранными государствами от своего собственного имени. Ему были пожалованы вотчины, а также передана в кормление Важская земля, приносившая большие доходы, и право взимания разных сборов. Кроме того, ему было дано огромное денежное жалованье.
В это время был достигнут крупный успех, когда в 1588 г. константинопольская патриархия согласилась на учреждение в России патриаршества. Правитель Борис Годунов выступил главным инициатором превращения русской православной церкви в патриархию.
