В Угличе многие горожане знали царевича в лицо. Не могли обознаться и многочисленные мамки, няньки, мальчики — товарищи по играм, дворяне, представители администрации, видевшие труп мальчика. Несостоятельность третьей версии очевидна. По этому поводу хорошо высказался современник событий, польский канцлер Ян Замойский: «Зарезали и не посмотрели кого, это что, Плавтова комедия?»
Более правдоподобна первая версия об убийстве царевича. Русские современники, авторы произведений о Смутном времени обвиняли Бориса Годунова в убийстве царевича Дмитрия, хотя еще Авраамий Палицын оговаривал, что дело это было весьма «лукавое». Палицын писал, что в Москву часто доносили о Дмитрии, будто он враждебно относился к боярам, приближенным своего брата, и особенно к Борису Годунову. Публицист объяснял такое настроение царевича тем, что он был «от ближних си смущаему», то есть своими родственниками по матери, Нагими, не смирившимися с тем, что их выслали из Москвы и хотевшими возвести на престол Дмитрия, в противовес бездетному и неспособному самостоятельно править Федору, чтобы через него управлять государством.
Автор «Нового летописца» писал, что мысль об убийстве царевича в Бориса вложил сам дьявол, что он так думал: «аще изведу царьский корень, и буду сам властелин Руси». Годунов якобы заранее стремился расчистить себе путь к царскому престолу. Летописец, чтобы придать Борису Годунову еще более нелицеприятный вид, сравнивал его со Святополком Окаянным, убийцей своих братьев, святых Бориса и Глеба. Подобное сравнение находится и в «Ином сказании». Со слов летописца, Борис сначала хотел отравить Дмитрия, но яд не действовал. Тогда было решено послать убийц, но никто не хотел взяться за это дело. Вскоре нашлись люди, готовые совершить задуманное правителем: это были дьяк Михайло Битяговский, его сын Данила, племянник Никита Качалов и сын мамки Дмитрия Осип Волохов. Этим людям поручено было заведовать всем в городе. 15 мая мамка Волохова, бывшая в заговоре, повела ребенка на двор. На крыльце уже дожидались убийцы. Осип Волохов, взявши Дмитрия за руку, спросил: «Это у тебя, государь, новое ожерельице?» Царевич поднял голову и отвечал: «Нет, старое». В эту минуту убийца ударил ножом в шею мальчика, но не захватил гортань и убежал. Дмитрий упал, кормилица пала на него, чтобы защитить, и начала кричать. Тогда Данила Битяговский с Качаловым, избивши ее до полусмерти, отняли у нее ребенка и дорезали. Тут выбежала мать и начала кричать. Соборный пономарь, видевший с колокольни убийство, начал бить в колокол, народ сбежался на двор и убил Битяговского с пособниками. Всего погибло 12 человек.
Летописцы видели в последующих печальных события Смуты божественное наказание за совершенный Борисом грех цареубийства: «И сим наведе кровопролитие всей Русской земли, и каково возмездие сам восприя и с родом своим на земли во очию нашею, а в будущем веце Бог един сам весть, что воздояние ему воздасть». Нисколько не сомневался в насильственной смерти царевича и князь Семен Иванович Шаховской: «Заклали его как невинного агнца». Авраамий Палицын совершенно определенно подчеркивал вину Бориса в смерти царевича. Но все это не показания очевидцев, а слухи, и свидетельствуют они о том, что московское общество твердо верило в гибель царевича Дмитрия от рук убийц, подосланных Борисом Годуновым. В общественном сознании утвердилась мысль, что все несчастья, пережитые страной в Смутное время, посылались Богом как возмездие за грех цареубийства, совершенный Борисом. Эта оценка нашла яркое отражение во всех публицистических памятниках XVII в. Палицын указывал, что смерть царевича повлекла за собой кровопролитие по всей Руси. И. А. Хворостинин отмечал то же самое: «И увидел это бог и не пренебрег этим, но зажег как огонь гнев свой, и наказал высокомерие его, и залил землю его кровью». Такая мысль была типична для историософского осмысления событий русскими средневековыми книжниками.
Вторая версия сводится к самоубийству царевича. Дело в том, что Дмитрий страдал эпилепсией. Как позже утверждали многочисленные свидетели, «и презже тово… на нем была ж та болезнь по месяцем беспрестанно». Сильный припадок был у Дмитрия за месяц до его смерти. По показаниям мамки, во время прогулки 15 мая у царевича начался новый приступ.
К тому же Дмитрий обожал играть ножами и саблями. У царевича с малых лет было предрасположение к жестокости. Он очень любил смотреть, как резали быков или баранов. Любимой забавой Дмитрия было убивать кур и гусей сабелькой или маленькой железной палицей.
15 мая царевич вместе с другими детьми играл в «тычку» — нужно метать нож в очерченный на земле круг. Внезапно с Дмитрием случился приступ «падучей», он упал на нож и поколол горло.
