Стрельцы просят Софью принять бразды правления. Воля стрельцов, нечего и говорить, была «законом». Результатом явилось провозглашение 23 мая 1682 г. двух царей, Ивана и Петра Алексеевичей, которые должны были править совместно, причем старший по возрасту Иван стал первым царем, а Петр — вторым. Этим достигался компромисс между двумя враждующими кланами.
29 мая «цари, царицы, патриарх и бояре» обращаются с просьбой к Софье принять на себя бремя власти. Царевна и тут действует необыкновенно благоразумно. Она долго отказывается, наконец, как бы против воли, дозволяет думным людям докладывать себе о всех государственных делах и повелевает во всех указах писать свое имя с именами царей, не требуя, впрочем, на этот раз другого титула, кроме «великой государыни, благоверной царевны и великой княжны».
Затем ее имя вошло в официальный царский титул: «великие государи и великая государыня царевна и великая княжна Софья Алексеевна…» В 1684 г. Софья повелела чеканить свое лицо на монетах. С 1685 г. она именовала себя самодержавицей, а в январе 1687 г. оформила этот титул специальным указом.
Н. М. Карамзин признавал Софью замечательной женщиной, правда ослепленной властолюбием. Н. Г. Устрялов, напротив, говорил о ней с негодованием, называя ее русской Пульхерией (дочь византийского императора Аркадия, которая тоже любой ценой рвалась к власти). Продолжая эту линию, И. Е. Забелин видел в царевне воплощение византийских идеалов, добавляя, что «она вела решительный заговор против брата и его семьи». Этим способом она и «дорвалась» до власти. Решимость, смелость — главные черты характера — резко обозначились с первых же ее шагов на политическом поприще. В ее характере было мало женского.
Первой проблемой, с которой столкнулась Софья после фактического переворота, было движение, подпетое раскольниками, которые под руководством проповедника Никиты Пустосвята добивались восстановления «старого благочестия» и практически подняли страну на дыбы. С раскольниками сплелись в один узел и праздновавшие свою победу стрельцы. Начальник Стрелецкого приказа И. А. Хованский-Таратуй приобрел у них большую популярность, высокомерно себя поставив по отношению к боярам и Софье. Она вынуждена была заплатить стрельцам 240000 рублей. 6 июня они потребовали от царевны новых уступок, в том числе и создания «кругов» по казачьему образцу — органов самоуправления, избиравших уполномоченных, которые бы давали советы Софье. Хотя все требования стрельцов были удовлетворены, И. А. Хованский понял, что стрельцы, спиваясь от радости, уже не в состоянии воздействовать на события. Поэтому и их очередной успех не имел последствий. Хованский понял, что поддержку может найти только у староверов, для которых он стал ведущей фигурой после сожжения Аввакума. Никита Пустосвят стал идиологом движения.
Начальник Стрелецкого приказа добивался дебатов об испытанной вере, но это было его ошибкой, так как он выступил против официальной церкви. Первоначально Хованский хотел провести дебаты до окончания срока коронации обоих царей (25 июня), чтобы ее не провели по новым обрядам. Но это требование не было удовлетворено, как и желание провести публичную дискуссию на Красной площади. Софья распорядилась провести дебаты в Грановитой палате, аргументируя это тем, что женщине неприлично обсуждать что-либо под открытым небом, и к тому же назначила их только на 5 июля.
В этот же день неистовые вопли мятежников огласили Кремль, на улицах и площадях волновались массы свирепых фанатиков. Устрашенные патриарх и все духовные власти не решались идти в Грановитую палату на богословский спор с раскольниками. Софья, проявив бес-страшив, заявила: «Не оставлю церкви и пастыря нашего, если прение необходимо, быть Собору в Грановитой палате. Я иду туда, и кто хочет, да последует за мной». С твердостью и удивительной смелостью укоряла она иступленных фанатиков, грозила и останавливала их дикие порывы. Хованский потребовал от Софьи покинуть помещение, но она отказалась и стала — вместе со своей теткой Татьяной Михайловной — первой женщиной в московской истории, председательствовавшей на публичном собрании.
Обе женщины сидели на царских тронах, кроме них присутствовали и другие женщины, которые до тех пор никогда не появлялись на публике. Это опять же было по указанию царевны. Как заметил немецкий историк Ханс-Иоахим Торке, «начинавшаяся революция в понимании политической роли женщины проявилась в другом: Софья неожиданно и темпераментно вмешалась в дискуссию между патриархом, появившимся в сопровождении восьми митрополитов и множества других иерархов, и представителем стрельцов, проповедником-старовером Никитой Пустосвятом, аргументируя это тем, что Алексея Михайловича и Федора Алексеевича тоже нужно было считать еретиками, если таковым был реформатор-патриарх Никон. К этому она ловко присовокупила политический шантаж, заявив, что двор, который кормил два полка и был для многих стрельцов единственным источником пропитания, уедет из Москвы».
