В июле 1680 г. царь женился на Агафье Семеновне Грушецкой. Так как Милославские всячески старались препятствовать этому браку, то после женитьбы царя их влияние при дворе падает. Языков и Лихачев получают преобладающее влияние на дела, и царь их слушается во всем. При их посредстве издан ряд распоряжений для устранения злоупотреблений и запутанности в делах по владению вотчинами и поместьями. В частности, была упорядочена передача вотчин и поместий наследникам, в результате поместное право почти исчезло, превращаясь в вотчинное. Упростилось управление на местах за счет усиления власти воевод. В 1681 г. было принято решение запретить помещикам-мусульманам владение крестьянами православного вероисповедания. Началось составление дополнений к Соборному уложению царя Алексея Михайловича. Уничтожался институт губных старост и целовальников, предпринято межевание вотчинных и помещичьих земель, уничтожены откупа на винную продажу и на таможенные сборы. Все уголовные дела теперь соединялись в Разбойном приказе, и, в некотором смысле, было смягчено уголовное законодательство. Например, отменена казнь путем отсечения рук и ног, в некоторых случаях сечение кнутом заменено денежным штрафом. Окончательно был уничтожен Холопий приказ. В 1682 г. был созван собор «для устроения и управления ратного дела». На этом соборе было окончательно отменено местничество. На основании соборного приговора были сожжены разрядные книги, чтобы впредь никто не мог ссылаться на заслуги предков.
Около того же времени был созван и церковный собор, на котором был основан ряд новых епархий, приняты некоторые меры для поднятия нравственности среди духовенства, главным образом монахов, и для борьбы с расколом, к противодействию которому была призвана светская власть.
Во внешней политике первое место в царствование Феодора Алексеевича занимал вопрос малороссийский, а именно борьба между украинскими гетманами Петром Дорошенко и Самойловичем, вызвавшая так называемые Чигиринские походы. В 1681 г. между Москвой, Турцией и Крымом было заключено перемирие на 20 лет, по которому Турции было уступлено все опустошенное в то время Заднепровье.
Вскоре в царской семье начались несчастья. При родах 14 июля 1681 г. умерла первая жена Федора — царица Агафья Грушецкая, а следом за ней скончался их сын — новорожденный младенец Илья. Сам царь день ото дня ослабевал. Окружение поддерживало в нем надежду. С верой в лучшее он женился на Марфе Матвеевне Апраксиной (1664–1715) 14 февраля 1682 г. Она приходилась родственницей царскому любимцу И. М. Языкову и, по отзывам современников, была умной и доброй девушкой. За короткий срок своей супружеской жизни царица Марфа Матвеевна смогла помирить царя Федора Алексеевича с мачехой — царицей Натальей и братом Петром и способствовала реабилитации опального боярина Матвеева: он был объявлен невиновным и его воротили из ссылки. Еще раньше, в 1681 г., царь Федор велел вернуть из ссылки патриарха Никона, но престарелый патриарх умер в пути, 17 августа 1681 г. Со второй женой царь прожил недолго: 27 апреля 1682 г. он умер, не оставив наследников.
Федор Алексеевич был воспитанником знаменитого церковного деятеля и писателя, западнорусского монаха Симеона Полоцкого (1629–1680), благодаря которому он знал польский язык и латынь, но все же главный характер его воспитания был церковный. Царственный юноша был любознателен, любил читать, посещал типографию. Постепенно он стал вникать в государственные дела и принимать серьезные решения. Однако болезнь не дала возможности Федору войти в историю в качестве самостоятельной личности. Царь Федор Алексеевич скончался, не достигнув и двадцати одного года. Не имея детей, он не оставил и распоряжения о наследнике московского престола.
Софья Алексеевна была четвертой дочерью царя Алексея Михайловича от первой жены Марии Милославской из 8 девочек, рожденных в этом браке. По словам историка М. И. Семевского, «никакой монастырь не мог быть скромнее и благочестивее царских теремов. В глубоком уединении, частью в молитве и посте, частью в занятиях рукоделием и в невинных забавах с сенными девушками проводили дни свои дочери царя Алексея Михайловича. Никогда посторонний взгляд не проникал в их хоромы: только патриарх и ближние сродники царицы могли иметь к ним доступ».
Затем круг допускаемых несколько расширился. Это были учителя, которые обучали всех детей «Тишайшего»: Симеон Полоцкий, Сильвестр Медведев, Карион Истомин. Софья получила прекрасное по тем временам образование.
