В сентябре 1947 г. из Поти на ремонтный завод перевели плавдок № 16, раскрепленный на штатную стоянку в Южной бухте, где он и находится по сей день. Для организации плавучей мастерской по выполнению в ней доковых работ флот выделил три трофейные баржи, которые переоборудовали под кубрики и рабочие места для рабочих из состава судоремонтного батальона. Мастерская получила название «Военная мастерская ВМ-20».
В 1951 г. ремонтный завод отремонтировал 30 кораблей и плавсредств, включая подводные лодки М-102 и М-111.
В апреле 1954 г. завод был переподчинен Главному управлению судоремонтных заводов ВМФ и стал называться 13-й Судоремонтный завод ВМФ СССР.
В 1951–1956 гг. завод выполнял ремонт и модернизацию полученных по репарациям кораблей и подводных лодок. В эти годы производились средние ремонты крейсера «Керчь», эсминцев «Лёгкий», «Ловкий», нескольких морских тральщиков и транспортов. Значительные работы были выполнены на линкоре «Новороссийск».
В 1954 г. на 13-м заводе прошли ремонт 28 кораблей, в том числе эсминцев «Бурный», «Беззаветный», подводных лодок С-42, М-238, тральщиков Т-919, Т-195.
В том же 1954 г. вступил в строй новый литейный цех, причалы № 13, 14, 15. В 1955 г. были сданы в эксплуатацию корпусный цех и трансформаторная подстанция № 3. В эти годы активно велось строительство жилья для работников завода. Были построены и сданы 12 жилых домов на 156 квартир и 33 комнаты в общежитии.
В 1958 г. было отремонтировано 26 объектов, освоен ремонт эсминцев проекта 30бис и подводных лодок пр. 613. Завод приступил к изготовлению артщитов пр. 435 и 436бис, гидроакустических щитов ГЛЩ-2, отражателей Б-6, сегментов якорей и металлических вех. В 1959 г. на заводе проводилось переоборудование суда «Илеть» – на его борту смонтировали пусковую установку и аппаратуру управления для испытательных пусков крылатых ракет П-35. Работы велись под наблюдением НПО «Машиностроение» (город Реутов). Опытовое судно перевели по каналу Волгодон в Каспийское море для проведения испытаний, которые обеспечивали специалисты завода.
В 1960 г. по проекту СКБ-172 13-й завод переоборудовал плавмастерскую «Металлист» в современную мастерскую М-127, ставшую затем основным подразделением по обеспечению докового ремонта кораблей в ПД-16.
9 марта 1961 г. Судостроительному заводу № 13 ВМФ было присвоено открытое название Морской завод № 13 ВМФ и условное наименование – в/ч 87069.
В 1968 г. на заводе был построен стенд размагничивания, а в последующие годы возведена электростанция, реконструированы водопровод и канализация, создан причал длиной 100 м с портальным краном грузоподъемностью 30 т и глубиной у кордона 7 м. Началось строительство цеха ремонта РЭВ и автоматики. Завод стал называться 113-м судоремонтным.
В 1969 г. завод был переведен на работу по принципам и условиям полного хозяйственного расчёта и самофинансирования предприятия. В том же году на заводе прошел переоборудование малый десантный корабль пр. 106К в корабль для тренировки космонавтов. Тогда же завод приступил к строительству девяти специальных подводных лодок серии СПЛЦ по проекту 172ОКТБ.
В начале 1970-х гг. судоремонтный завод занимался переоборудованием лесовоза «Донбасс» пр. 596П в специальный корабль для поиска и доставки космонавтов. Его оснастили радиолокационной станцией дальнего обнаружения МР-500. Грузовые трюмы были переоборудованы для перевозки спускаемых аппаратов, а все помещения оборудованы микроклиматом.
В 1971–1972 гг. на заводе изготовили опытную рейдовую бочку ОРП-71 для заправки кораблей на внешнем рейде без захода их в базу. ОРП-71 погружалась и всплывала по командам, подаваемым с берега. Бочки подобного типа активно использовались 5-й оперативной эскадрой на Средиземном море.
Весной 1980 г. завод получил плавдок ПД-30 подъемной силой 30 тыс. т. Морская инженерная служба ЧФ углубила и раскрепила док в Троицкой бухте. После проведения подготовительных работ и швартовых испытаний, 15 августа 1980 г. в плавдок поставили в ремонт первый доковый комплект, состоявший из кораблей проектов 61, 394Б и 532.
В 1982 г. в ходе Фолклендской войны англичане всего за неделю переоборудовали в авианесущие транспорты (импровизированные авианосцы) четыре контейнеровоза типа «Атлантик Конвейер» и разместили на каждом по 10–20 самолётов с вертикальным взлетом «Харриер».