Последние месяцы жизни Годунов был сам не свой. Он мог бы сказать о себе то же, что говорил один известный городничий: «…Не знаешь, что и делается в голове; просто, как будто стоишь на какой-нибудь колокольне, или тебя хотят повесить». Под влиянием страха и чувства собственного бессилия он потерял своё обычное политическое здравомыслие и пытался бороться против Дмитрия двумя противоречащими друг другу способами: с одной стороны, скрывая от народа пришествие страшного выходца с того света и отгораживаясь от Литвы заставами, с другой — распространяя во стране грамоту патриарха Иова и анафемствуя самозванца. И то, и другое было только на руку Дмитрию. Народ не верил ни Борису, ни патриарху.
Мучая, казня и ссылая в Сибирь недовольных, Борис одновременно обнаруживал свой страх перед подданными. Он заперся во дворце и даже не выходил на крыльцо, чтобы по царскому обычаю в определенные дни лично принимать челобитные; стража гнала просителей в шею.
Порой Годунов совсем терял голову, обуреваемый сомнениями, с кем же он воюет: с самозванцем или настоящим сыном Грозного? Однажды, терзаемый этими мыслями, он распорядился привезти в Новодевичий монастырь царицу Марфу, мать царевича. Летописец так повествует об этой драматической встрече.
Ночью Марфу тайно привели в спальню Бориса, где он находился вместе со своей женой, царицей Марьей, дочерью Малюты Скуратова.
— Говори правду, жив ли твой сын или нет? — спросил царь.
Марфа ответила, что не знает.
Жена Годунова в ярости схватила с туалетного столика зажжённую свечу.
— Ах ты, б…! — крикнула она. — Смеешь говорить: не знаю — коли верно знаешь!
С этими словами она хотела ткнуть свечой в глаза инокине, но Борис удержал её руку. Марфа испуганно отшатнулась от разъярённой женщины и сказала:
— Мне говорили, что сына моего тайно увезли из Русской земли без моего ведома, а те, кто мне так говорили, уже умерли.
Большего от неё не могли добиться. Борис велел увезти её подальше от Москвы и держать в строгости и нужде.
Начался Великий пост. Измученный страхами и подозрениями, Борис совсем потерял сон и здоровье. Но 13 апреля 1605 года, во время недели жён-мироносиц, он почувствовал себя бодрее обыкновенного. Отстояв службу, он весело сел за праздничную трапезу в Золотой палате и ел с таким аппетитом, что встал из-за стола с сильной тяжестью в желудке. После обеда царь поднялся на вышку, с которой часто любовался Москвой. Вдруг он пошатнулся, быстро сошёл вниз и закричал, чтобы позвали лекарей, так как у него страшно колотится сердце и ему дурно. Когда прибежали иноземные врачи, Борис был уже так плох, что бояре сочли нужным заговорить с ним о наследнике.
— Как угодно Богу и земству! — равнодушно отвечал царь.
Вслед за этими словами кровь рекой хлынула у него изо рта, носа и ушей, и он бессильно откинулся на руки врачей. Патриарх Иов с духовенством наскоро соборовали умирающего царя и совершили над ним обряд пострижения. Борис, наречённый Боголепом, умер около трёх часов пополудни, успев ещё благословить сына на царство; лицо его, искажённое предсмертными судорогами, почернело.
Внезапная смерть Годунова привела бояр и духовенство в полнейшую растерянность. Они не решились сразу объявить новость народу, боясь волнений. Москвичи узнали о случившемся лишь на следующий день. 15 апреля тело Бориса погребли в Архангельском соборе; 70 тысяч рублей из царской казны было роздано в течение сорокоуста за упокоение беспорочной и праведной души его, мирно отошедшей к Богу.
Немногие искренне пожалели о нём. Столь любимые им иностранцы почтили его память следующими словами: «Вошёл, как лисица, царствовал, как лев, умер, как собака» (К. Буссов). Для большинства же русских Борис уже давно стал «рабоцарём», то есть царём из рабов, холопов, искусным и коварным лицедеем, хищником на престоле законных государей. В народе шептались, что царь-злодей сам отравил себя, не вынеся мучений совести. Впрочем, немало людей считало, что его отравили бояре.
Узнав о смерти Бориса, огромное московское войско в одночасье растаяло как дым: большая часть перекинулась к Дмитрию, другие разбежались. Путь на Москву был открыт.
20 июня Дмитрий торжественно въехал в столицу. За несколько дней до этого толпа его сторонников разгромила дворец Бориса, зверски убив его сына Фёдора. А спустя ещё месяц патриарх венчал Дмитрия и приехавшую в Москву Марину на царство. Кстати, над супругой царя эта церемония была проделана впервые в российской истории. Началось короткое царствие Дмитрия.
Оно продолжалось с июня 1605 по май 1606 года, и вписало весьма необычную страницу в историю Московского государства. Все дела и начинания нового царя несли на себе отпечаток его яркой и своеобразной личности, которой было тесно в рамках старомосковских традиций.
