Письмо Кристофу Бомону порадовало лишь немногих вольнодумцев во Франции и нескольких политических бунтарей в Швейцарии. Из двадцати трех «опровержений», адресованных автору, почти все были от протестантов. Женевское кальвинистское духовенство усмотрело в «Письме» нападки на чудеса и библейское вдохновение; потворствовать подобным ересям означало бы вновь навлечь на себя опасность, которой их подверг д'Алембер. Разгневанный тем, что женевские либералы не выступили в его защиту, Руссо (12 мая 1763 года) направил в Большой совет Женевы заявление об отказе от гражданства.
Это действие получило определенную поддержку. 18 июня делегация подала первому синдику республики «Очень скромное и почтительное представление граждан и мещан Женевы», в котором, среди прочих претензий, жаловалась на незаконность приговора над Руссо и на то, что конфискация экземпляров «Эмиля» из женевских книжных магазинов нарушила права собственности. Совет двадцати пяти отклонил протест, а в сентябре прокурор Жан-Роберт Троншен (двоюродный брат врача Вольтера) опубликовал «Письма о кампании», защищая оспариваемые действия Совета. Репрезентанты» обратились к Руссо с просьбой ответить Троншину. Не желая оставлять плохое без внимания, Руссо опубликовал (декабрь 1764 г.) девять «Писем с горы» — ответ из своего горного дома олигархии Женевской равнины. Разъяренный против духовенства и Совета, он нападал на кальвинизм и католицизм и сжег за собой почти все мосты.
Формально он адресовал письма лидеру Représentants. Он начал с того, что поспешно осудил свои книги и свою личность, не дав возможности защититься. Он признал недостатки своих книг: «Я сам нашел в них множество ошибок; не сомневаюсь, что другие могут увидеть гораздо больше, и что есть еще такие, которых ни я, ни другие не заметили«…Выслушав обе стороны, публика вынесет свой приговор;…книга восторжествует или падет, и дело закрыто».43 Но была ли книга «пагубной»? Мог ли кто-нибудь читать «Нувель Элоиз» и «Профессию любви савойского викария» и действительно верить, что их автор намеревался уничтожить религию? Действительно, эти труды были направлены на уничтожение суеверий как «самой страшной чумы человечества, печали мудрецов и орудия тирании»;44 Но разве они не утверждают необходимость религии? Автора обвиняют в том, что он не верит в Христа; он верит в Христа, но совсем не так, как его обвинители:
Мы признаем авторитет Иисуса Христа, потому что наш разум соглашается с его заповедями, и мы находим их возвышенными… Мы признаем откровение как исходящее от Духа Божьего, причем мы не знаем, каким образом…Признавая божественный авторитет Евангелия, мы верим, что Иисус Христос был облечен этим авторитетом; мы признаем более чем человеческую добродетель в Его поведении и более чем человеческую мудрость в Его учении.
Второе письмо (забытое «Общественный договор») отрицало право гражданского совета судить в вопросах религии. При осуждении Эмиля был нарушен основной принцип протестантской Реформации — право человека самостоятельно толковать Священное Писание.45 «Если вы сегодня докажете мне, что в вопросах веры я обязан подчиняться чужим решениям, завтра я стану католиком».46 Руссо признал, что реформаторы, в свою очередь, стали гонителями индивидуального толкования,47 но это не отменяло принципа, без которого протестантское восстание против папской власти было бы несправедливым. Он обвинил кальвинистское духовенство («кроме моего пастора») в том, что оно переняло нетерпимый дух католицизма; если бы они были верны духу Реформации, они бы защищали его право публиковать собственное толкование Библии. Теперь он мог сказать доброе слово о взглядах д'Алембера на женевское духовенство:
Философ бросает на них быстрый взгляд; он проникает в них, видит, что они ариане, социниане; он говорит об этом и думает оказать им честь; но он не видит, что ставит под угрозу их мирские интересы — единственный вопрос, который обычно определяет здесь, внизу, веру людей.48