Ореол легендарности на факультете и кафедре Трубадурцеву придавало то обстоятельство, что ещё смолоду он пострадал за науку — как, например, Джордано Бруно (который, впрочем, пострадал совсем за другое, но считалось, что за науку) или Вавилов, только не до смерти. Причиной доноса и ареста стало несколько неосторожных фраз в адрес «Нового учения о языке» академика Марра, которое с середины 1920-х преподносилось его апологетами, как единственно марксистское. Следовательно, каждый, кто его не разделял, становился в их глазах врагом существующего строя, о чём они начинали писать в научных журналах, изо всех сил привлекая внимание властей.
Опять же можно было счесть, что и Трубадурцеву «повезло», и он «легко отделался»: его арестовали в конце 1938-го, когда вал репрессий уже прошёл, и в них наметился даже некоторый откат. Он получил пять лет за антисоветскую агитацию — срок по тем временам небольшой. Истинное же везение заключалось в том, что срок не продлили автоматически — во время войны такое случалось нередко. Эти пять лет Трубадурцев пребывал в лесах Коми АССР, вышел на свободу в конце 1943-го и уже через несколько месяцев оказался на фронте. Он был четырежды ранен, награждён медалями «За боевые заслуги», «За отвагу» и орденом «Красной звезды». Последнее ранение, полученное в начале апреля 1945-го, оказалось особенно тяжёлым и в то же время судьбоносным: его, изрешечённого осколками, выхаживала медсестра — недавний заключённый так отвык от чьей-либо заботы, что стремительно влюбился. Тут же в госпитале было сделано предложение, и получено согласие — произошло это в День Победы, среди всеобщего ликования.
К тому времени Трубадурцеву удалось добиться реабилитации. Ещё после первого ранения, он начал писать в инстанции, указывая в своих письмах на важное обстоятельство: марксистским своё учение называют сами марровцы, тогда как Партия и Правительство его таковым не признавали, а потому критику данного учения ни в коей мере нельзя считать антисоветской агитацией. И вот на каком-то из этажей прокурорской иерархии его доводы сочли убедительными: судимость и поражение в правах, запрещающее жить в крупнейших городах страны, с него сняли, что позволило вскоре после комиссования забрать жену в Москву.
Здесь с самого начала встал вопрос о жилье. Деревянный дом в районе Нижней Масловки, в котором Трубадурцев жил с матерью до войны, сгорел при попадании зажигательной бомбы. Сама мать дневала и ночевала в госпитале — она работала в нём фельдшером, и помогла устроиться туда же жене Трубадурцева. Он вернулся в школу, где преподавал до ареста: в ней только год, как возобновились занятия. Там ему выделили для проживания коморку в полуподвале — место неуютное ещё и тем, что в зимние месяцы спать приходилось в шинели, шапке, валенках и варежках, и всё равно руки и ноги к утру замерзали (самыми комфортными помещениями в школе считались туалеты — в отличие от классов и коридоров они отапливались круглосуточно, но их уже застолбили для ночлегов другие бездомные учителя).
Ему удалось защитить, написанную ещё до ареста, диссертацию. Однако положение человека хоть и оправданного, но всё же сидевшего, делало его не первым кандидатом на более высокие вакансии. К тому же вскоре после войны наметилась тенденция к повторной посадке отсидевших по политическим статьям. Трубадурцев понимал, что документ о реабилитации при аресте легко изъять, и всерьёз опасался снова загреметь в лагерь — например, по доносу кого-нибудь, кому он гипотетически может перейти дорогу. Ощущение опасности усиливало то обстоятельство, что марровцы, притихшие после репрессий 1937-38-х годов, которые вырвали из их рядов несколько знаковых фигур, во второй половине 1940-х снова стали проявлять активность, а он — ни разу не упомянувший в своей диссертации академика Марра и «Новое учение» — был очень удобной фигурой для их нападок.
Как раз в это время в нашем городе создавался университет, кадры для него набирали из сильнейших научных центров страны. За Трубадурцева похлопотали друзья, и он радостно ухватился за этот шанс на временный, как тогда думалось, отъезд из столицы.
После известных интервью Сталина в «Правде» в 1950-м, где учение Марра подверглось критике, как научная ересь, с «Новым учением о языке» было покончено раз и навсегда. Марровцы один за другим стали каяться в печати, а Трубадурцев был оправдан не только юридически, но и морально. Пребывание в лагере стало его достоинством, и на местном уровне его даже превознесли, как мученика за науку — назначили завкафедрой и замдекана и дали трёхкомнатную квартиру в одноэтажном секторе, в двадцати минутах ходьбы от университета (через несколько лет, когда стали бороться с культом личности Сталина, с должности замдекана его сняли, но остальное оставили).
