Непрерывное длительное отступление вызвало падение боевого духа колчаковских войск. Способствовало этому и впечатление от хорошей организации Красной армии и от ее успехов. Подобные настроения нашли отражение в переписке колчаковских солдат и фиксировались военной цензурой белых[964]. Продолжались дезертирство и переходы на сторону противника. Только в августе известно несколько таких случаев. Почти в полном составе красным сдался 42-й Троицкий стрелковый полк, в результате чего белые были вынуждены отступать. Перешла к красным Башкирская конная бригада под командованием штабс-ротмистра М.Л. Муртазина. Ушел с фронта и начал боевые действия как против белых, так и против красных Волжский конный отряд корнета Б.К. Фортунатова. Разочарование охватило и старший командный состав. Так, например, генерал-майор А.П. Перхуров, разочаровавшись в колчаковском командовании, сформировал собственный партизанский отряд и перешел к автономным действиям[965].
5-я советская армия, наступая на восток вдоль Транссибирской магистрали, к 18 августа, оторвавшись от соседей, вышла на линию реки Тобол и 20 августа форсировала реку. К концу августа некоторые части продвинулись на 180 км к востоку от Тобола, приближаясь к реке Ишим. 4 сентября части 51-й дивизии В.К. Блюхера заняли Тобольск. Однако красные были истощены затяжными боями и семисоткилометровым наступлением, их тылы отстали. Советское командование было против активных действий. К примеру, командующий 3-й советской армией С.А. Меженинов неоднократно в первой половине августа 1919 г. просил штаб фронта дать его армии возможность отдохнуть[966]. В результате инициатива перешла к белым.
Аналогичная ситуация сложилась и в частях РККА на Южном Урале. При осмотре 24-й стрелковой дивизии командующим Туркестанским фронтом М.В. Фрунзе, последний нашел ее сильно потрепанной и дезорганизованной, значительный процент комсостава выбыл из строя, материальная часть находилась в безобразном состоянии[967]. Тем не менее в конце августа красные перешли к ликвидации остатков Южной армии, застрявшей в полосе Ташкентской железной дороги и в глухих районах Южного Урала. Командование пыталось вывести армию в Туркестан на зимовку, но этот план был невыполним. В результате армия едва не попала в окружение на линии Ташкентской железной дороги. Значительная часть ее сдалась в плен (по различным подсчетам, на фронте 1-й советской армии в сентябре 1919 г. сдалось в плен от 30 до 57 тысяч человек[968]), а наиболее стойкие части смогли прорваться от линии железной дороги на восток – на соединение с колчаковскими армиями и на запад – на соединение с уральскими казаками. 13 сентября у станции Мугоджарская произошло соединение 1-й армии и туркестанских войск Актюбинского фронта – красные пробили путь в Туркестан.
В Западной Сибири разворачивалась Тобольско-Петропавловская операция. Главный удар по 5-й советской армии наносила 3-я армия белых под командованием генерала К.В. Сахарова. Командующий советским Восточным фронтом В.А. Ольдерогге не ожидал активизации белых. 9 сентября в районе станицы Пресновской Сибирского казачьего войска части Сибирского казачьего корпуса окружили четыре полка 5-й и 35-й дивизий, нанеся им тяжелые потери. На этом казачья конница прекратила активные действия и надежды на то, что казаки смогут осуществить рейд по красным тылам по примеру рейдов на Юге России, оказались напрасными. Однако и красные в начале сентября смогли разбить 7-ю Уральскую стрелковую дивизию противника. Следует отметить, что красные к осени 1919 г. имели хорошо налаженную разведку и смогли перехватывать оперативные приказы и телефонные переговоры противника, до уровня переговоров штаба 3-й армии белых с армейскими группами[969]. Все это позволяло действовать на упреждение.
Бои носили ожесточенный характер, некоторые населенные пункты неоднократно переходили из рук в руки. К началу октября белые сумели отбросить советские войска к Тоболу, однако этот успех был достигнут колоссальной ценой – белые понесли невосполнимые для них потери. 3-я армия Сахарова за период с 1 сентября по 15 октября потеряла убитыми и ранеными 988 офицеров и 17 700 нижних чинов[970]. Тем не менее к 10 октября в ней все еще насчитывалось около 19 900 штыков, 6500 шашек, 331 пулемет и 153 орудия, 5-я советская армия имела 31 313 штыков, 3387 шашек, 475 пулеметов и 99 орудий[971]. Приехавший ненадолго в Омск Сахаров пришел к выводу, что положение почти безнадежно[972].