Завладев крепостью, русские войска взорвали батареи, разрушили стены, засыпали рвы и колодцы, сожгли дома. Но по Ясскому миру Анапа снова перешла в руки турок. Они восстановили крепость, и в начале XIX в. Анапа превратилась в центр работорговли.
В записках дворян Вешняковых и медынского купца Новикова, составленных в 1804–1806 гг., говорилось, что турки опять стали отстраивать город, сооружать мечети, магазины, возводить дома.
В 1807 г. черноморская эскадра под начальством контр-адмирала С. А. Пустошкина вновь захватила крепость. Крепостные стены были взорваны, 80 колодцев крепости забиты чугунными орудиями и снарядами и также взорваны. От укреплений ничего не уцелело, а в городе осталось только 20 жителей. Но вскоре Анапа опять перешла в руки турок. Они опять восстановили крепость и заселили ее.
В 1809 г. русский десантный отряд вновь овладел Анапой. Затем русские войска осадили Поти, и турецкий гарнизон капитулировал. Позднее была взята и сухумская крепость. Турки потеряли все свои опорные пункты к северу от реки Риопи. Укрепления Анапы, которые турки успели восстановить за короткий срок, русские на этот раз сохранили. Более того, в крепости был оставлен русский гарнизон, так что теперь она стала оплотом русских. Однако по бухарестскому мирному договору 1812 г., завершившему русско-турецкую войну 1806–1812 гг., города Анапа, Поти и Ахалкалаки вновь перешли в руки турок.
В 1828 г., через 40 лет после первого похода русских против Анапы, состоялся шестой поход.
В походе 1828 г. участвовал флот под командованием вице-адмирала А. С. Грейга и сухопутные войска под начальством контр-адмирала А. С. Меньшикова. Анапская крепость защищалась гарнизоном турок из 6000 человек и 8000 горцев. В русском отряде, осаждавшем крепость, насчитывалось немногим более 5000 человек. Осада длилась с 7 мая по 12 июня и закончилась падением крепости, которая сильно пострадала от жестокой бомбардировки.
По адрианопольскому миру, заключенному с Турцией в 1829 г., за Россией закреплялись Анапа, Поти и все побережье вплоть до Аджарии. Турция, потеряв Анапу, лишилась хорошо укрепленного плацдарма. Достаточно сказать, что протяженность каменных стен, окружавших анапскую крепость к моменту ее падения, была около 4 км. Стены крепости, разрушенные при штурме, больше не восстанавливались.
Из записок офицеров, участвовавших во взятии крепости, известно, что большая территория внутри крепости, прежде всего юго-восточная часть, пе была полностью обжита. Дома стояли хаотично, часто огораживались высокими заборами, на улицу окон в них не делали. Извилистые проходы между рядами домов были кривы и местами до того узки, что два всадника с трудом могли проехать рядом. Пришедшее в Анапу новое население стало строить себе другие дома, но еще долгое время Анапа напоминала большую деревню.
В 1846 г. Анапа была официально объявлена городом. Это третий город, известный по побережью Анапской бухты, в том месте, где источники называют Синдскую гавань, Горгиппию и Many. Судьба, однако, готовила новые испытания этому многострадальному клочку земли. Во время Крымской войны 1855 г. русское население покинуло Анапу, предварительно разрушив все ее укрепления и находившиеся там постройки. И все-таки туркам не суждено было владеть этой территорией. Крепость восстановить они уже не успели. В июле 1856 г. русские войска вошли в Анапу. На руинах крепости стал строиться новый город. Камни от разрушенных крепостных стен употребили для возведения домов.
Постепенно исчезли остатки былых укреплений. От крепости уцелели лишь «Русские ворота», а о южной крепостной стене напоминает название улицы — Крепостная. Вдоль нее еще в начале XX в. тянулся ров, который в XVIII в. форсировали русские войска. Старшее поколение анапчан до сих пор вспоминает, как весело было зимой скатываться на салазках с высокого земляного вала в широкий глубокий ров. Сейчас ров засыпан землей и над ним уже успели вырасти большие деревья, образующие бульвар между улицами Крепостной и Протапова.
Исследование античных городов на территории нашей страны началось в XIX в. А. С. Пушкин, посетивший Керчь в 1820 г., уже хорошо знал, что на горе Митридат он видит руины столицы Боспорского царства — Пантикапея.
Примерно тогда же началось изучение Ольвии, а раскопки в Херсонесе, близ Севастополя, приобрели постоянный характер с 1888 г.
