Основное правило обращения с антиматерией - удерживать ее от малейшего контакта с обычной материей, чтобы не произошло случайной аннигиляции (Артур Кларк, Стивен Бакстер "Перворожденный"). Для ее хранения используются силовые поля и исключительно прочная металлическая наружная оболочка из специальных сплавов (Энн Маккефри "Все Вейры Перна"), электромагнитные поля внутри вольфрамового корпуса (Артур Кларк, Стивен Бакстер "Перворожденный"). Электрическое поле хорошо лишь для управления заряженными объектами, магнитное - для тех же заряженных движущихся объектов и ферромагнитных материалов, оно менее эффективно в случаях диамагнетиков. Электромагнитными полями, создаваемыми бегущими по проводникам переменными электрическими токами, удобно управлять металлическими предметами и реже - диамагнетиками (Роджер Желязны, Томас Т. Томас "Вспышка"). Гравитационное взаимодействие всегда намного слабее случайного электромагнитного воздействия. Поэтому известные поля пригодны лишь для удержания электрически заряженной антиматерии, и заявленное Артуром Кларком и Стивеном Бакстером хранение антиводорода нереально, если он приготовлен в виде нейтральных молекул, которые образуются при сближении отдельных атомов. Предлагалось использовать для хранения антиматерии прочную стальную сферу с внутренними магнитными полями и контактирующим с антиматерией слоем нейтронов (Бертрам Чандлер "В альтернативную Вселенную"). Последнее, конечно же, очевидная чепуха, так как нейтроны активны в реакции аннигиляции с антиматерией точно так же, как любая иная материя. Более реально хранение антиматерии в космосе, в поле тяготения массивного ледяного астероида, на орбитах между ним и наружной газовой оболочкой, стабилизированных четырьмя меньшими астероидами между антиматерией и оболочкой (Пол Андерсон "Мы выбираем звезды"). На корабле ее можно хранить в вакуумных магнитных "бутылях" (Аластер Рейнольдс "Город Бездны").
Как высший пилотаж, изображается заправка корабля антиматерией из летающего танкера-хранилища в космосе (Глен Кук "Рейд") или спасение брошенного экипажем танкера с антиматерией (Билл Болдуин "Рулевой"). Антиматерия питает энергией супермощные корабельные двигатели (Билл Болдуин "Галактический конвой"). Поэтому описанное Болдуином расположение базы военных космических судов на окраине крупного города чрезвычайно невероятно из-за возможного высвобождения исключительно большой энергии при неудачных аварийных посадках кораблей, поврежденных на учениях или в сражениях, так как малейшая крупинка антивещества может дать чудовищный взрыв (Аластер Рейнольдс "Пространство откровения").
Летящая к Земле квинт-бомба выдерживает термоядерные и даже аннигиляционные взрывы (Артур Кларк, Стивен Бакстер "Перворожденный"). Сильно прочная, однако! Намного прочнее обладающего напряжением на разрыв порядка внутриядерных сил такого же вымышленного скрита, который все же разрушается при аннигиляции (Ларри Нивен "Дети Кольца"), потому что ни один вид материи не обладает стойкостью к действию антиматерии. Здесь Нивен выглядит более реалистичным автором.
