По внешнему периметру здание охранялось военными. Внутри охрану осуществляли сотрудники НКВД. Получив неограниченные полномочия, Шапошников лично обратился к Берии с просьбой вернуть из лагерей и тюрем многих репрессированных военачальников и старших офицеров Генерального штаба, а также профессоров – генералов Академии имени К.Е. Ворошилова. Трудно сказать, что именно двигало Берией, но он точно спешил избавиться от неугодных ему свидетелей, когда приказал расстрелять многих из тех, кого просил освободить маршал. А не хватало прежде всего представителей современных родов войск: военных инженеров, танкистов, летчиков. Ну зачем, зачем, например, нужно было расстреливать при уже развернувшейся войне дважды Героя Советского Союза, бывшего командующего советской военной авиацией Смушкевича? Дело кончилось тем, что уже Сталин лично приказал рассмотреть вопрос о реабилитации некоторых военных. На что Берия только развел руками. Расстреляны. Не надо ему было плодить себе врагов. Он-то знал, что кто-кто, а именно военные ему не простят своего былого унижения и издевательств. И еще не известно, как поведут себя эти люди, командуя дивизиями и армиями. Сталин знал это лучше Берии. При создании особой группы не упустил нарком внутренних дел и то, что в состав ее ввели Суровцева. Получилось, что наличие в группе бывшего белого генерала изначально компрометировало все дело. И это была бомба замедленного действия. Этот факт сам по себе материал для будущих следственных действий против Шапошникова и приближенного к нему, самого таинственного в Генштабе генерала – Шиловского, который, будучи начальником академии, и в Генштабе работал на особых условиях. Факт присутствия в особой группе Суровцева было трудно переоценить. И при этом НКВД не виноват. Сам товарищ Сталин приказал пока не трогать этого белогвардейца Мирка-Суровцева.
Был еще один, главный, подтекст при создании этой секретной, особой группы при Генеральном штабе. Никому не доверявший Сталин хотел иметь авторитетное, профессиональное мнение о развивающихся на фронте событиях. По опыту Гражданской войны он знал, как бывает непросто разговаривать с военными, как знал и то, что на войне нужно слушать все же их, а не болтунов-ораторов из числа так называемых простых коммунистов. Наличие группы вооружало вождя в разговорах с действующими полководцами. Им еще предстоит не раз и не два удивляться «познаниям» товарища Сталина в вопросах, казалось бы, чисто военных! По сути дела, эта группа была чем-то вроде «шарашек», которые были организованы в системе НКВД из высококлассных специалистов, репрессированных в последние предвоенные годы. Но этой «шарашки» как бы и не было. Дело складывалось таким образом, что люди, в нее попадавшие, были вычеркнуты из списка живых кто за несколько лет, кто за несколько месяцев до ее создания, поскольку были арестованы раньше по самым серьезным обвинениям. И если о секретной «шарашке» ЦКБ-29 на набережной Яузы все же знали некоторые высокопоставленные работники Наркомата внутренних дел, то о секретной группе при Генеральном штабе знали только нарком Берия и два его заместителя – Судоплатов и Фитин. Да еще Эйтингон.