Уходили на фронт и специалисты-собаководы. Некоторые из них впоследствии стали руководителями специальных подразделений военного собаководства. Так, командиром 39-го отряда особых специальных служб, а в дальнейшем начальником штаба 2-го отдельного полка дрессировщиков специальных служб стал Федор Михайлович Лужков, командиром 37-го отдельного батальона собак-миноискателей — Александр Павлович Мазовер, командиром 34-го отдельного инженерного батальона миноискателей — Петр Алексеевич Заводчиков, командиром 51-го отдельного отряда собак ездово-санитарных нартовых упряжек — Иван Семенович Полтавец, командиром роты собак связи — Николай Иванович Бортников и другие.
Великая Отечественная война явилась тяжелым испытанием для нашей страны, для каждого воина Красной армии, каждого советского человека. Все, кто работали в стенах Центральной школы, хорошо понимали и чувствовали личную ответственность за дело, которое ему было поручено командованием.
Уже через 10 дней с начала военных действий, 2 июля 1941 г., на Западный фронт, под Гомель, был направлен батальон специальных служб в составе 199 человек личного состава и 212 собак противотанковой службы и службы связи, командир батальона — капитан П. Г. Новиков, командир роты собак-истребителей танков (СИТ) — лейтенант Некрутенко, командир роты собак связи — старший лейтенант Шкенин. И хотя результат применения собак животных был плачевный, но он дал повод для осмысления и анализа допущенных ошибок, исправления сложившегося положения. Дальнейшее применение подразделений СИТ показало, что выводы были сделаны правильно. Второй батальон под командованием Ф. А. Васильева был направлен под Ленинград.
22.06.1941 г. был произведен выпуск сержантского состава дрессировщиков служебных собак в количестве 47 человек (приказы по школе №№ 143 и 147 от 27.06.1941 г. и 30.06.1941 г.). 14.07.1941 г. произведен выпуск сержантского состава дрессировщиков служебных собак в количестве 89 человек (приказ по школе № 159 от 14.07.1941 г.).
27.07.1941 г. ускоренным порядком был выпущен курс младших лейтенантов — командиров взводов (приказ по школе № 3 от 27.07.1941 г.) в количестве 41 человека. Этот выпуск и несколько десятков политработников, присланных из Москвы, позволили удовлетворить самые насущные потребности новых формирований в политработниках и в среднем командном составе. В дальнейшем в Центральной школе были сформированы еще два больших отряда — 1-й и 2-й армейские отряды собак — истребителей танков.
Второй этап немецкого наступления (10 июля — 30 сентября 1941 г.) переместил фронт вооруженной борьбы на основных направлениях от западных границ на восток на 300–600 км. Фашистские армии угрожали прорывом к Ленинграду, через Смоленск к Москве, через Киев в Донбасс. В этот период военных действий на советско-германском фронте, по замыслу немецкого командования, главной ударной силой являлись танковые соединения.
Наши войска неоднократно наносили контрудары, которые проводились мехкорпусами с целью разгромить наступающего противника или же отбросить его к государственной границе. Примером могут служить контрудары 12-го и 3-го мехкорпусов Северо-Западного, 14-го Западного, 22-го, 9-го, 19-го и 8-го Юго-Западного фронтов.
Вместе с тем эти контрудары имели и серьезные недостатки. Проводились они поспешно, без серьезной разведки противника, зачастую наносились в лоб, против главных сил.
В начальный период войны особенно широкое распространение получили встречные бои и сражения, но и они развертывались в исключительно сложной обстановке. Эти бои проводились чаще всего танковыми и механизированными соединениями после совершения марша, протяженность которого достигала порой 200 и более км.
Боевой опыт показал, что в этих условиях успех зависел от многих факторов: захвата инициативы, темпов развертывания войск, решительного перехода в наступление, а также от артиллерийских средств борьбы с танками противника. К сожалению, на первом, начальном этапе войны их не хватало, и здесь достойное место занимали воспитанники Центральной школы — собаки — истребители танков.
Уже 21 июля 1941 г. в Центральной школе начинается формирование и подготовка в соответствии с директивой Генштаба Красной армии № орг./15/524390СС восьми отдельных армейских отрядов собак — истребителей танков. Для их комплектования было выделено 148 офицеров и 320 сержантов.
В этот период фронту требовалось все больше и больше противотанковых собак, и школа основное внимание уделяет формированию и подготовке отрядов истребителей танков. Таких отрядов было подготовлено и направлено в действующую армию: 10 армейских истребительных отрядов, 10 отдельных отрядов истребителей танков и 2 отряда особых специальных служб.
В то же время в Центральной школе идет напряженная работа по подготовке офицеров, сержантов, вожатых, формирование отдельных взводов, рот, отрядов и батальонов собак по другим службам военного собаководства, с отправкой их в действующую армию.
