Уже во время Киевского периода русские митрополиты, верные преданиям Византийской церкви, не пытались стать в какие-либо независимые отношения к светской власти, даже во время очевидного упадка этой последней; еще менее были бы уместны такие попытки в Москве, при ее твердой государственной политике. Напротив, в эпоху Московского объединения Северо-Восточной Руси высшая духовная власть естественно сделалась главным его пособником, ибо вместе с политическим единством упрочивалось и единство церковное. Куда простиралось влияние великого князя Московского, там неоспоримо признавался и духовный авторитет Московского митрополита; чем богаче и сильнее становился Московский государь, тем более возвышался в моральном и материальном отношениях высший Московский иерарх. Мы видим, что сами митрополиты из Греков были усердными сторонниками Москвы в деле объединения Руси; тем более усердными поборниками этого дела являлись митрополиты из Русских людей, у которых скорбело сердце, смотря на бедствия Руси, вызываемые ее дроблением, и на ее угнетение от мусульманских варваров. Петр, Алексей, Иона были не только замечательные церковные иерархи, но и великие русские патриоты.
Тесные связи митрополичьего престола с престолом великокняжеским и с объединительными стремлениями Москвы неизбежно вызывали разлад между московской митрополией и великими князьями Литовскими, как политическими соперниками Московских, особенно после окатоличения первых. Отсюда мы видели ряд попыток получить отдельного митрополита для Западной России.
В следующем 1462 году 27 марта за Ионою последовал в могилу и сам великий князь Василий, не достигши еще и пятидесятилетнего возраста. Его смерть была, по-видимому, следствием неудачного лечения. Захворавши, он вообразил, что у него сухотная болезнь; а обычное в то время лечение этой болезни состояло в том, что прижигали горящим трутом разные части тела. Но происшедшие от того раны начали гнить, и повели за собою смертельный исход болезни великого князя.