Когда Василий Темный утвердился окончательно на великокняжеском престоле, он решился возвести Иону на митрополию посредством собора русских епископов, ибо обращаться за этим в Царьград было затруднительно. Бежавший из Москвы в Рим Исидор, получив здесь достоинство кардинала, не только продолжал именовать себя русским митрополитом, но и был признаваем в этом сане самим Царьградом, т. е. императором и патриархом. По призыву великого князя, в Москву собрались епископы Северо-Восточной Руси — Ростовский, Суздальский, Коломенский и Пермский; а владыки Новгородский и Тверской прислали грамоты с изъявлением своего согласия на поставление Ионы. Совещания епископов, архимандритов, игумнов и прочего духовенства происходили в Архангельском соборе. Обратились к правилам апостолов и древних церковных соборов, вспомнили примеры Илариона и Климента, и наконец 5 декабря 1448 года, во время торжественной литургии, возложили на Иону митрополичий омофор и дали ему в руки великий митрополичий посох. Так был поставлен в Москве первый чисто русский митрополит независимо от Византии. Однако на Руси понимали всю важность этого шага и всеми способами старались доказать его законность. Иона написал окружное послание к своей пастве, еще особое послание в Киев, потом неоднократные послания в Западную Русь: в своих грамотах он оправдывал свое поставление настоятельными нуждами Русской церкви. Старания эти были далеко не лишние: ибо и в самой Москве встречались видные духовные лица, которые неодобрительно отнеслись к нарушению исконных преданий. Так, игумен Пафнутий Боровский не велел в своей обители называть Иону митрополитом и не хотел исполнять его распоряжений. Услыхав о том, Иона пожаловался великому князю; вызвал Пафнутия к себе, собственноручно наказал его своим жезлом за непочтительные слова и заключил в оковы. Только посидев довольно времени в темнице, Пафнутий смирился, покаялся и, получив благословение, был отпущен в свой монастырь.
Когда в Москву пришла весть, что на византийском престоле вместо Иоанна Палеолога, поборника Флорентийской унии, сел брат его Константин (1449), то великий князь велел приготовить ему приветственную грамоту, в которой излагался весь ход дела как Исидора, так и Ионы, и испрашивалось последнему благословение великой Цареградской церкви, относительно которой Русская церковь навсегда сохраняет единение и повиновение. Но сношения с Константинополем в те времена сделались очень затруднительны как по опасностям от Татар и всяких разбойничьих шаек, свирепствовавших по дорогам к Черному морю, так и по смутам в самой Византийской империи, которая находилась, так сказать, при последнем издыхании. Наконец, пришла весть о взятии Константинополя Турками и гибели Константина Палеолога (29 мая 1458 г.). Это печальное для православного Востока событие способствовало почти полному освобождению Русской церкви от цареградской зависимости. И прежде из Византии нередко приезжали духовные лица в Россию для сбора пожертвований в пользу бедствующей Греческой церкви, теснимой Турками, а теперь эти приезды участились. Нуждаясь постоянно в материальных пособиях со стороны Москвы, греческие патриархи или молчанием, или прямым согласием подтверждали то самостоятельное, независимое положение, в которое стала теперь Московская митрополия.
Если Иона был усердным сторонником Василия Васильевича
