Когда решен был вопрос о волостях, владыка с послами бил челом Ивану Васильевичу смиловаться над городом и облегчить осаду, в которой гибло много людей. Но великий князь не спешил исполнением этого челобитья и велел еще своим боярам говорить с посольством о ежегодной дани, которую оно предложило со всех волостей новгородских по полугривне или по семи денег с сохи. Московские бояре спросили, как велика новгородская соха и получили в ответ: «три обжи составляют соху; а обжа, когда один человек орет на одной лошади, кто орет на трех лошадях и сам третей, то выходит соха». Великий князь потребовал было по полугривне с обжи; однако потом смиловался и положил по полугривне с сохи «со всех волостей новгородских, также на Двине и в Заволочье, со всех, кто пашет землю, равно с ключников, старост и одерноватых». При сем по челобитью владыки он согласился не посылать собственных писцов и даньщиков, от которых была бы тягота крестьянам, а положиться на веру и совесть новгородцев, которые сами соберут дань и отдадут, кому будет приказано.
По окончании всех этих переговоров Иван Васильевич велел очистить для себя Ярославов двор и составить целовальную или присяжную запись для новгородцев. На ней подписался владыка и приложил свою печать, вместе с печатями от всех пяти концов. По этой записи приносили присягу великому князю те новгородские бояре, житьи и купцы, которые приезжали с челобитьем в стан на Паозерье. А 15 января пятеро московских бояр, ведших переговоры, отправлены в город, чтобы по той же целовальной грамоте привести к присяге весь Новгород. С сего дня вече уже перестало существовать; поэтому высшие классы, т. е. бояре, житьи и купцы, присягали на владычнем дворе; а по концам были посланы от великого князя его дети боярские, которые приводили к присяге черных людей. Потребовали также присяги от людей боярских и от вдовых боярынь, так как в Новгороде они пользовались значительными правами и распоряжались имуществом своих детей. Затем новгородские бояре, дети боярские и житьи били еще челом великому князю о принятии их в свою службу; на что, конечно, получили его соизволение, с обязательством доносить о всяком добре и лихе, замышляемом кем-либо из новгородцев на великого князя. Только 18 января Иван Васильевич разрешил скопившимся в городе крестьянам разойтись по своим волостям и селам, и только 29-го в четверг на масляной неделе он с братьями и боярами приехал в Новгород, чтобы отслушать обедню у св. Софьи; но опять воротился к себе на Паозерье; так как город заражен был моровою язвой. Еще около трех недель он оставался здесь, занимаясь устройством новгородских дел.
На Ярославовом дворе вместо веча теперь помещены были два великокняжеских наместника, князь Иван Стрига-Оболенский с братом Ярославом; на Софийскую сторону великий князь также назначил двух бояр (Василия Китая и Ивана Зиновьева). Эти четыре наместника должны были теперь ведать управление и суд вместо прежних посадников и тысяцких. Затем, не стесняясь только что данным помилованьем покорившимся новгородцам, великий князь велел схватить еще несколько вожаков противной ему партии из числа бояр и житьих людей и отправить их в московское заточенье, а именья их отписать на себя. В числе схваченных находилась и знаменитая Марфа Борецкая с ее внуком Василием, сыном Федора Дурня, который умер в заключении в городе Муроме, приняв монашеское пострижение. Владыка Феофил богатыми «поминками» старался задобрить самодержавного теперь государя новгородской земли и несколько раз подносил ему золотые цепи, чары, ковши, серебряные кружки, кубки, миски, целые сотни кораблеников и прочие дорогие вещи. Наконец, 17 февраля Иван Васильевич выехал в обратный путь и 5 марта в четверг на пятой неделе великого поста прибыл в Москву. Еще прежде прислал он боярина Слыха к матери, сыну и митрополиту с известием, «что отчину свою Великий Новгород привел в свою волю и учинился на нем государем как и на Москве». Вслед за великим князем привезли из Новгорода и вечевой колокол, повесили его на Кремлевской площади на колокольню, и стал он звонить «на равне» с прочими колоколами.
Печальную картину представлял Великий Новгород и вся его область после этого похода. Повсюду остались глубокие следы разорения и опустошения. Народу погибло гораздо более чем в первый поход; ибо тогда было теплое время и сельские жители укрывались в лесах; а теперь при зимних снегах и морозах укрыться было некуда, и множество людей погибло от меча, болезней, голода и холода.
