Несмотря на такое истощение сил, вольнолюбивые новгородцы не могли скоро помириться с потерей самобытности и с тяжким для них московским владычеством. Уже в следующем 1479 году доброхоты донесли великому князю, что Новгород тайно сносится с Казимиром Литовским, который готовится к войне с Москвой и поднимает на него хана Золотой Орды; около того же времени возникло неудовольствие между Иоанном и его братьями, так что время показалось очень удобное для новгородского восстания. Иоанн оценил важность минуты, и на этот раз, вопреки своей обычной медлительности и осторожности, 26 октября поспешил в Новгород только с одной тысячью военных людей, поручив сыну собирать большую рать и идти за собой. Несмотря на поставленные по пути заставы, долженствовавшие не пропускать в Новгород известий о походе великого князя, граждане узнали о нем; они немедленно подняли знамя восстания и принялись укреплять город; причем вновь избрали степенных посадника и тысяцкого, и возобновили свое вечевое устройство. Услыхав о том, великий князь остановился в Бронницах, и две недели ждал, пока подошла московская рать. Тогда он вновь осадил Новгород. На этот раз осада продолжалась недолго: внутри города пошли опять раздоры партий и постоянные измены; многие граждане уходили в стан к великому князю. Меж тем московские пушки, направляемые Аристотелем, громили стены; а внешняя помощь ниоткуда не являлась. Новгородцы опять попытались было вступить в переговоры через своего архиепископа и послали просить опасной грамоты. Но Иоанн отвечал: «я сам опас для невинных и государь вам; отворите ворота; когда войду в город, то невинных ничем не оскорблю». Отворили ворота. Архиепископ с духовенством и с крестами, выборные власти, бояре и весь народ вышли навстречу великому князю, пали ниц и просили прощения. Он взял благословение у владыки; сказал, что невинным приносит мир, и отправился помолиться у св. Софии. Затем остановился в доме нового посадника Ефима Медведева, и началась суровая расправа.
