Таким образом, Объединенный флот приступил к изучению плана Куросима, считая, что операции на западе должны быть частью согласованного наступления стран оси, которое будет предпринято с двух направлений. Однако, когда штаб флота получил копию нового трехстороннего военного соглашения, заключенного 19 января между державами оси, стало ясно, что этой идее не суждено осуществиться. Хотя в соглашении и упоминалось мимоходом о наступлении Германии на восток, а Японии на запад, в нем ничего не говорилось о будущих совместных усилиях. Угаки был сильно разочарован и пришел к заключению, что Япония в большей степени сможет содействовать успехам стран оси, немедленно выработав свою собственную стратегию, чем если она будет пытаться скоординировать свои действия с действиями европейских союзников.
Тем самым с идеей совместного наступления было покончено, и Объединенный флот продолжил изучение вопроса об операциях на западе, рассматривая их теперь как чисто японское предприятие. Ближайшими военными задачами являлись: уничтожение английского флота, захват о. Цейлон и установление господства в воздухе над Индийским океаном. Более широкие стратегические цели заключались в защите Голландской Восточной Индии и Малайи от угрозы с запада и в быстрейшем соединении с немецкими силами на Ближнем Востоке.
В конце февраля изучение этого вопроса закончилось и был, наконец, подготовлен проект плана. Его вынесли на обсуждение военных специалистов, состоявшееся на борту линкора «Ямато», который только что стал флагманским кораблем Объединенного флота. Обсуждение длилось более четырех дней. В нем принимали участие и представители морского генерального штаба. В результате морской генеральный штаб составил окончательный план операций военно-морского флота на западе, который в середине марта был представлен на обсуждение императорской ставки.
Этот план предусматривал высадку десанта на о. Цейлон и, конечно, требовал участия в операциях сухопутных войск. Однако армия самым решительным образом выступила против, мотивируя свою позицию тем, что она должна быть в полной готовности на случай вступления Японии в войну с Советской Россией и поэтому не может направить свои силы в Юго-Восточную Азию. С точки зрения флота, это возражение было просто благовидным предлогом, так как в это время армия вела военные действия в Бирме. Но как бы то ни было, отказ сухопутных сил от участия в намеченных операциях означал, что при таких условиях планируемое наступление в Индийском океане не осуществимо.
Тем не менее Объединенный флот по-прежнему считал, что так или иначе наступление как таковое должно быть предпринято, и чем скорее, тем лучше. Поэтому штаб Объединенного флота вновь занялся проблемой наступления в восточном направлении, значительно ограничив, однако, задачи выдвигавшиеся в первоначальном плане Угаки по захвату Гавайских островов и уделяя основное внимание операциям, которые флот мог осуществить самостоятельно или при минимальном участии сухопутных сил. В этот период значительно усилилась деятельность авианосных соединений противника, которые с начала февраля успешно атаковали Маршалловы острова, Рабаул, острова Уэйк и Маркус, а также восточную часть Новой Гвинеи. Это и определило характер дальнейших действий Японии. Офицеры оперативного отдела штаба Объединенного флота , пришли к заключению, что для пресечения такого рода действий противника следует захватить о. Мидуэй, который находится всего лишь в 1130 милях от Гавайских островов и мог служить передовой базой для ведения воздушного патрулирования. В то же время они рассчитывали, что удар по о. Мидуэй заставит флот противника принять участие в боевых действиях, и тогда можно будет разгромить его в решающем сражении.
План был разработан контр-адмиралом Угаки и штабом Объединенного флота настолько, насколько это можно было сделать до принятия главнокомандующим окончательного решения. Адмирал Ямамото не вмешивался в разработку плана и не принимал участия в затянувшихся дебатах о том, в каком направлении — на запад или восток — должны развиваться военные действия японского флота. Но теперь последнее слово было за ним, и он быстро, не колеблясь, выбрал предложение о наступлении в восточном направлении. В соответствии с этим решением 29 и 30 марта штабом Объединенного флота был подготовлен предварительный план операции против о. Мидуэй.
Теперь требовалась только санкция морского генерального штаба. Примерно в середине марта штаб информировали о том, что Объединенный флот разрабатывает план нападения на о. Мидуэй, и это не вызвало никаких возражений. 2 апреля капитан 2 ранга Ватанабэ, начальник оперативного отдела штаба адмирала Ямамото, был послан в Токио, чтобы официально представить морскому генеральному штабу предварительный план. Ватанабэ очень скоро понял, что этому плану предстоит нелегкое плавание.