Легкий авианосец «Рюдзё» (флагманский корабль) (16 истребителей, 21 бомбардировщик-торпедоносец)
Авианосец «Дзунё» (24 истребителя, 21 пикирующий бомбардировщик)
Тяжелые крейсера «Мая», «Такао»
Три эскадренных миноносца
В) СОЕДИНЕНИЕ ВТОРЖЕНИЯ НА О. АТТУ
Контр-адмирал Сэнтаро Омори
Легкий крейсер «Абукума» (флагманский корабль)
Четыре эскадренных миноносца Один минный заградитель
Один транспорт с армейским десантным отрядом (1200 человек)
Г) СОЕДИНЕНИЕ ВТОРЖЕНИЯ НА О. КЫСКА
Капитан 1 ранга Такэдзи Оно
Легкие крейсера «Кисо» (флагманский корабль), «Тама»
Вспомогательный крейсер «Асака Мару»
Три эскадренных миноносца
Три тральщика
Два транспорта с десантным отрядом морской пехоты (1250 человек)
Д) отряд подводных лодок
Контр-адмирал Оигэаки Ямадзаки
Подводные лодки «I-9» (флагманский корабль), «I-15», «I-17», «I-19», «I-25», «I-26»
Вице-адмирал Тэрухиса Комацу
Легкий крейсер «Катори» (флагманский корабль, находился на рейде Кваджелейн)
А) 3-Й отряд подводных лодок
Контр-адмирал Тимаки Коно
Плавучая база подводных лодок «Ясукуни Мару» (флагманский корабль, находился на рейде Кваджелейн)
Подводные лодки «I-168», «I-169», «I-171», «I-174», «I-175»
Б) 5-й отряд подводных лодок
Контр-адмирал Тадасигэ Дайго
Плавучая база подводных лодок «Рио де Жанейро Мару» (флагманский корабль, находился на рейде Кваджелейн)
Подводные лодки «I-156, «I-157», «I-158», «I-159», «I-162», «I-165», «I-166»
В) 13-Й дивизион подводных лодок
Капитан 1 ранга Такэхару Миядзаки
Подводные лодки «I-121», «I-122», «I-123»
Вице-адмирал Нисидзо Цукахара
А) экспедиционное соединение базовой авиации
Капитан 1 ранга Тисато Морита
36 истребителей (транспортируемых авианосцами)
10 бомбардировщиков (с о. Уэйк)
6 летающих лодок (с о. Джалуит)
Б) 24-я ВОЗДУШНАЯ ФЛОТИЛИЯ
Контр-адмирал Минору Маэда
Авиационная группа с гидроавиатранспорта «Титосэ»
Капитан 1 ранга Фудзиро Охаси '
36 истребителей, 36 бомбардировщиков-торпедоносцев (с островов Кваджелейн и Уэйк)
1-я авиационная группа
Капитан 1 ранга Самадзи Иноуэ
36 истребителей, 36 бомбардировщиков-торпедоносцев (с островов Аур и Вотье)
14-я авиационная группа
Капитан 1 ранга Дайдзо Накадзима
18 летающих лодок (с островов Джалуит и Вотье)
Действия этих многочисленных соединений и групп были тщательно согласованы. Высадка десанта на о. Мидуэй назначалась на 7 июня. Два фактора обусловили выбор именно этой даты. Во-первых, требовалось время для ремонта, детального осмотра и пополнения всеми видами снабжения кораблей соединения Нагумо и 2-го флота вице- адмирала Кондо, которые возвратились в Японию из южных морей лишь в конце апреля, после завершения операций первой фазы войны. Все эти приготовления должны были занять несколько недель, поэтому день вторжения можно было назначать не ранее, чем на первую половину июня. Во-вторых, следовало выбрать такое время, когда достаточно лунного света, что облегчило бы маневрирование кораблей в ночное время. 7 июня было последним таким днем, и только почти через месяц луна достигла бы фазы, которая благоприятствовала бы проведению десантных операций. Но штаб Объединенного флота резко воспротивился отсрочке нападения на о. Мидуэй до июля.
Все соединения надводных кораблей и транспортные группы, чтобы вовремя выйти на исходную линию, должны были выступить между 26 и 29 мая: Северное соединение — из военно-морской базы в Оминато (северная оконечность о. Хонсю), Соединение вторжения на о. Мидуэй, за исключением главных сил вице-адмирала Кондо, — с островов Сайпан и Гуам, а главные силы Соединения вторжения на о. Мидуэй под командованием Кондо, 1-е ударное авианосное соединение вице-адмирала Нагумо и Главные силы под командованием адмирала Ямамото должны были выйти с якорной стоянки у о. Хасира в западной части Внутреннего Японского моря и направиться непосредственно в район предстоящего сражения. По пути Главные силы разделялись на две группы: Ядро сил под командованием Ямамото должно было продолжать движение к о. Мидуэй, а Соединение прикрытия вице-адмирала Такасу—пойти на северо-восток, чтобы обеспечить вторжение на Алеутские острова.