Михаилу Палеологу досталось от латинян тяжелое наследие. Древняя столица империи представляла картину разорения и опустошения. В короткий срок был восстановлен из руин великий город, отремонтированы укрепления, отделаны дворцы и храмы. Были восстановлены торжественный церемониал и придворный этикет византийского императорского дворца. Св. София вновь стала центром православия. С огромной энергией правительство Михаила VIII стремилось возродить престиж Византии как мировой державы. Однако территория империи резко сократилась по сравнению с эпохой Комнинов. Под властью Византии оставались лишь владения Никейской империи, часть Фракии и Македонии, Фессалоника с ближайшей округой, некоторые острова Архипелага и отдельные города на Пелопоннесе (Мистра, Монемвасия, Майна). Трапезундская империя и Эпирское царство сохранили самостоятельность. Византийской империи предстояло еще отвоевать у латинян важные области в Средней Греции и на Пелопоннесе. Север Фракии и Македонии находился в руках болгар и сербов. Венеция сохранила свое господство на значительной части островов Эгейского моря. На востоке византийские владения подвергались постоянным набегам турок.
Михаил VIII Палеолог совершил большую ошибку, недооценив турецкую опасность. Пренебрегая защитой восточных областей, он лишил привилегий пограничных воинов-акритов, земли их были обложены налогами, жалованье выплачивалось нерегулярно. Увеличились налоги и на крестьян Вифинии. В 1262 г. вспыхнуло вооруженное восстание вифинских акритов и малоазийских крестьян. Движение проходило под лозунгами защиты династии Ласкаридов против узурпатора Михаила Палеолога. Восстание приняло угрожающие для правительства размеры и было с трудом подавлено войсками императора.
Михаил Палеолог с присущей ему неукротимой энергией направил основные усилия на отвоевание византийских владений у латинян. В течение всего его царствования шли бесконечные войны с латинскими баронами. Однако латиняне нашли сильных союзников прежде всего в лице папского престола, ставившего своей целью восстановление Латинской империи и подчинение власти Рима схизматиков-греков. До крайности обострились отношения между Венецией и Генуей из-за господства на торговых путях в восточное Средиземноморье и в Черное море. Византии приходилось постоянно лавировать между враждующими торговыми республиками. При Михаиле VIII дело кончилось временным разрывом с Генуей и возобновлением союза с Венецией. Адриатическая республика помогла Византии в войне с герцогами Ахайи и Афин, в отвоевании части Пелопоннеса.
Однако вскоре у Михаила VIII на Западе появился новый, чрезвычайно опасный враг — младший брат французского короля Людовика IX Карл Анжуйский. Утвердившись в Южной Италии и на Сицилии, Карл Анжуйский распространял свое влияние в Западной Греции и на островах Архипелага. Он ставил целью захват Константинополя и восстановление под своей эгидой Латинской империи, готовился к походу на Константинополь в союзе с Венгрией, Кастилией, сербами и болгарами. Михаилу Палеологу удалось расколоть антивизантийскую коалицию. К борьбе против Карла Анжуйского был привлечен Педро Арагонский. В 1282 г. испанцы захватили Сицилию. После потери Сицилии Карл принужден был навсегда распроститься с планами захвата Византии.
Во время тяжелой борьбы с Карлом Анжуйским и различными коалициями западных держав Михаил Палеолог решился на примирение с главным врагом греков — папским престолом. Мир с папой был куплен, однако, дорогой ценой — заключением в 1274 г. в Лионе унии западной и восточной церквей, по которой греки признавали супрематию папы над всей христианской церковью. В обмен папа обещал Михаилу Палеологу помощь в борьбе с врагами. Но в Византии уния полностью провалилась, так как вызвала несокрушимое сопротивление монашества, духовенства, народных масс и части знати.
В одном из походов против латинян Центральной Греции в 1282 г. Михаил VIII умер. Новый император — его сын Андроник II Палеолог (1282—1328) — был во многом противоположностью отца. Любитель философии и литературы, широко образованный человек, он предпочитал занятия наукой военным походам или политическим интригам. Во внешней политике он перешел к обороне. Тем временем на Востоке, воспользовавшись ослаблением Иконийского султаната Сельджукидов, Осман I Гази (1288—1326) основал новую династию турецких султанов. Объединенные под его властью турецкие племена стали называться турками-османами.
