Преемником Феодора I стал его зять Иоанн III Дука Ватац (1222—1254) — самый выдающийся деятель на никейском престоле. Удачливый полководец, значительно расширивший территорию никейского государства, рачительный хозяин, поднявший его экономику, Иоанн III вместе с тем был щедрым меценатом, покровителем наук и искусств, стремился к возрождению интереса к античности, к эллинской культуре предков. Пытаясь повысить доходы казны, он хорошо организовал домениальное хозяйство на императорских землях и в короткий срок добился их процветания. По словам современников, было достигнуто изобилие: амбары ломились от зерна, загоны были полны скотом, в имениях появились табуны коней и стада домашней птицы. Пример хозяйственных успехов императора нашел широкое применение и в вотчинах феодалов. В отношении городов Иоанн III вел протекционистскую политику, установил торговые пошлины на иностранные товары, в первую очередь на итальянские. Это, бесспорно, стимулировало дальнейший подъем малоазийских городов. Никейский император щедро осыпал дарами церковь, но взамен потребовал полной покорности духовенства. Возросшие доходы помогли Иоанну III вести успешную борьбу на международной арене с латинянами и соперником Никеи Эпирским царством. В этот период вновь окрепло и свободное крестьянство. Преемником Иоанна III стал его сын Феодор II Ласкарис (1254—1258). Философ и писатель, сделавший очень много для превращения Никеи в один из главных культурных центров, Феодор II не был способен управлять государством и не смог добиться успехов на политической арене. Его заслуги целиком относятся к сфере культуры.
Соперником Никейской империи в борьбе за главенство среди греческих государств и за овладение Константинополем долгое время было Эпирское царство, занимавшее территорию от Коринфского залива до Диррахия. Это царство, то единое, то с двумя центрами — в Арте и Фессалонике, было одновременно местом взаимодействия общественных институтов. Там смешивались культурные влияния греков, латинян и местного балканского населения, в том числе славян. Нескончаемые усобицы и отсутствие единства предопределили поражение Эпирского царства в борьбе с Никеей.
Трапезундская империя (1204—1461) с самого начала обособилась как самостоятельная держава, ведущая независимую политику. Во главе этой империи встали внуки последнего византийского императора из дома Комнинов Андроника I — Алексей и Давид, принявшие титул Великих Комнинов. Создание Трапезундского государства произошло при помощи Грузии, переживавшей в правление царицы Тамары (1184—1213) значительный расцвет. Удаленная от главных центров на Средиземном и Эгейском морях, Трапезундская империя не смогла принять активного участия в борьбе с Никеей и Эпиром за отвоевание Константинополя у латинян. Расцвет империи Великих Комнинов относится к концу XIII — середине XV в.
Основной целью борьбы греческих государств против латинян было восстановление Византийской империи. Эта миссия выпала на долю выдающегося политического деятеля и смелого военачальника Михаила VIII Палеолога (1259—1282). Ставленник высшей феодальной знати Никеи, Михаил путем интриг захватил никейский престол, отстранив от власти, а позднее ослепив малолетнего сына Феодора II — Иоанна IV Ласкариса (1258—1261).
В 1261 г. Михаил VIII в результате удачного похода захватил Константинополь и восстановил Византийскую империю. Падение Латинской империи в 1261 г. было подготовлено длительной борьбой греческого народа за свою независимость, Михаилу VIII удалось восстановить Византийскую империю благодаря тому, что он сумел объединить всех противников латинского владычества — византийскую знать, духовенство, купечество. Искусный дипломат и хитрый политик, Михаил Палеолог использовал вражду венецианцев с генуэзцами и путем предоставления последним торговых привилегий приобрел поддержку генуэзского флота. Войска Михаила и генуэзский флот при активной помощи населения Константинополя атаковали город с суши и с моря и овладели столицей. Михаил стал основателем новой династии византийских императоров — династии Палеологов, которая с некоторыми перерывами царствовала до конца существования Византии.
