Конец XV в., как отмечалось, был богат кризисами — и политическими, и экономическими. Не миновали они и общественную мысль того времени. Особую известность получила ересь антитринитариев. Судя по утверждениям главных противников ереси новгородского архиепископа Геннадия и Иосифа Волоцкого (в миру Санина), основателя названного его именем монастыря, ее последователи отрицали не только догмат о троичности бога, но и святость богоматери, необходимость поклонения иконам и, наконец, необходимость самого института церкви для общения человека с богом. Выступали они и против церковного землевладения. В идеологии этого еретического направления отмечают и черты мессалианства, дуалистической ереси раннего средневековья, и отзвуки реформационных настроений с присущим для них признанием авторитета Библии, в частности Ветхого завета.
Ересь распространилась в начале 70-х годов XV в. сначала в Новгороде, где большинство ее последователей принадлежало к низшему духовенству и простонародью, а затем в 80-е годы в Москве. Здесь ее поддержали и более влиятельные лица из окружения Ивана III (например, дьяк Федор Курицын). На церковном соборе 1490 г. еретики были подвергнуты проклятью. Для новгородских и особенно московских еретиков характерна гуманистическая направленность их взглядов. Члены московского кружка вольнодумцев, как и их глава Федор Курицын, дипломат и широко образованный человек, проявляли особый интерес к богословским и философским произведениям, утверждавшим свободу воли, рассматривавшим человека как мерило всех ценностей.
Внимание образованных читателей и из мирян, и из духовенства постепенно все сильнее привлекали переводные светские сочинения, обращавшиеся на Руси еще в XII — начале XIII в., такие, как «Александрия» (жизнеописание Александра Македонского, весьма популярного в средневековье), «Повесть об Акире Премудром» (ассиро-вавилонское сочинение VII в. до н.э., содержащее множество афоризмов), «Иудейская война» Иосифа Флавия и др. В конце XV в. корпус переводных светских сочинений пополнился переводами с немецкого «Прения живота со смертью» и др.
Центральным вопросом для членов московского кружка был, вероятно, вопрос о границах власти государя. В «Повести о Дракуле», распространенной в их кругу, нарисован идеал дальновидного, хотя и жестокого государя, казнившего всех, «кто учинит кое зло, татьбу или разбой, или кую лжу или неправду», вне зависимости от его сословного положения. В своей практической деятельности представители московского кружка утверждали единовластие великого князя всея Руси, за что некоторое время пользовались сочувствием Ивана III.
На противоположных позициях стояли воинствующие церковники, стремившиеся отстоять особое место церкви в системе складывающихся внутри страны отношений. Как реакция на ущемление прав церкви в процессе объединения страны, в особенности в Новгороде, в конце XV в. была создана теория превосходства духовной власти над светской. «Слово кратко», происходившее из кружка новгородского архиепископа Геннадия, ясно и четко формулирует эту идею: «Следует больше повиноваться духовной власти, нежели мирской». Однако для проведения этой идеи в жизнь уже не было реальных предпосылок. Великокняжеская власть опиралась на многочисленный слой детей боярских — средних и мелких феодалов, заинтересованных в секуляризации или хотя бы секвестровании церковных земель для дальнейшего расширения поместного фонда. Кроме того, сама церковь вынуждена была прибегнуть к поддержке великокняжеской власти в борьбе с еретиками. При этом и сами защитники ортодоксальной церкви не могли не признать необходимости некоторых реформ, в первую очередь в отношении монашества. Иосиф Волоцкий предлагал установить строжайшую дисциплину и соблюдать внешнее благочиние в монастырях, но признавал необходимым сохранение монастырского землевладения, требовал беспощадной расправы с инакомыслящими, настаивал на вмешательстве государства в дела церкви.