В противоположность «иосифлянам» (как назывались сторонники волоцкого игумена) другое внутрицерковное течение — «нестяжатели», также стремившееся к укреплению пошатнувшегося престижа монастырей, предлагали для этого иные средства. Основоположник этого течения Нил Сорский требовал нравственного самоусовершенствования монахов путем жестокой аскезы и внутренней («умной») молитвы. «Нестяжатели» осуждали приобретение монастырями населенных земель, которые они предлагали передать в руки епископов — глав церковных епархий. Взяв за образец хозяйство северных монастырей, они призывали ограничиться лишь «самоплодными» землями, т.е. усольями — соляными источниками, водами с их возможностями для мукомольного дела и рыболовства, лесами, богатыми зверем и ягодой. Сторонники двух главных церковных идеологов придерживались, таким образом, разных взглядов на будущее развитие монастырей и их место в экономической и социальной жизни русского общества (теория Волоцкого предусматривала широкую раздачу милостыни в монастырях, «нестяжатели» передавали эту миссию в руки белого духовенства). Правда, и та, и другая теория не отрицала самой идеи «нищелюбия» и отводила церкви роль амортизатора социальных конфликтов феодального общества. Церковный собор 1503 г. сделал попытку исправления церковного быта и нравов, запретив взимать мзду за поставление (назначение) священников. Однако по вопросу об отказе монастырей от землевладения, поставленному самим Иваном III, «нестяжатели» потерпели поражение. Ивану III удалось добиться лишь ограничения иммунитетных прав церковных феодалов, в первую очередь митрополита.
Церковный собор 1504 г. принял новое суровое постановление: казнить осужденных ранее еретиков. В пламени костров погибли дьяки Иван Волк, Федор Курицын, их единомышленники — в Москве, Некрас Рукавов, архимандрит Юрьева монастыря Кассиан и др. — в Новгороде.
Власть церкви казалась незыблемой. В 1505 г. после смерти Ивана III поддерживавший ранее удельных князей Иосиф Волоцкий перешел на сторону великокняжеской власти, стал верной опорой нового великого князя Василия III. Он и его сторонники взяли теперь на себя миссию идеологического обоснования самодержавия. Они развивали идею божественного происхождения великокняжеской власти, которая, таким образом, приравнивалась к власти других европейских государей, правивших «милостью божьей». Этот аспект идеологического оформления верховной власти был особенно важен для упрочения престижа Русского государства на международной арене. Еще в 1489 г. в ответ на предложение германского императора короновать великого князя русские дипломаты объявили, что Иван III и так имеет «поставление от бога». Целый цикл памятников, известных в комплексе как «Сказание о князьях владимирских», созданных в связи с венчанием Дмитрия-внука (см. выше), которое впервые было совершено по образцу коронации византийского наследника престола, идеологически обосновывал самодержавную власть великого князя. Сам же великий князь на коронации выступал в роли, аналогичной византийскому императору. В «Сказании» излагалась новая версия происхождения русских государей от римского императора Августа через Пруса—Рюрика—Владимира Киевского, а великокняжеских регалий (в том числе и шапки, в летописях 20-х годов получившей название «шапка Мономаха» — из Византии от императора Константина Мономаха. Возводя род русских государей к Августу, а их власть к Византии при посредстве киевского князя, «Сказание» тем самым подчеркивало преемственность русских государей XV в. от князей Древней Руси, Византии и даже античного Рима. Проводя идею римско-киевского наследия, «Сказание» в обычной для средневековья форме поднимало международный престиж великого князя.
В 1492 г. митрополит Зосима провозгласил мысль о переходе мирового значения Византии к Руси. Он называл Ивана III «новым царем Константином», а Москву — «новым градом Константиновым». Так зародилась идея о Москве — «третьем Риме», получившая дальнейшее оформление уже в XVI в.