Политическая и идеологическая поддержка церкви со стороны государства способствовала ее административному и экономическому укреплению. Епископы и монастыри превращались в крупных земельных собственников. В Византии им принадлежали не только земельные угодья, села, но позднее и ремесленные мастерские (эргастерии). Священнослужители и лица, обслуживавшие церковь, были освобождены от налогов, ремесленных и торговых пошлин, от военной службы, церковь получала большие средства от императорской казны на благотворительную деятельность, значение которой для смягчения классовых конфликтов государство вполне осознавало.
На Западе отсутствие сильной централизованной власти способствовало укреплению позиции римских епископов — пап, по существу превратившихся не только в духовных, но и светских владык Римской епархии. «Вотчина святого Петра» оказалась наиболее стабильным политическим и экономическим образованием тех бурных и исполненных драматизма столетий. Даже после падения Западной Римской империи возраставшие доходы и владения церкви не были отчуждены и королями варварских государств, образовавшихся на территории бывшей империи.
К началу средневековья на основе принятого в 325 г. Никейским собором «Символа веры» в основных чертах были завершены формирование христианского канона, систематизация церковной доктрины, осуществленная на Востоке «отцами церкви» Василием Великим, Григорием Назианзином, Григорием Нисским, а на Западе — Иеронимом Стридонским и в особенности Аврелием Августином, выработаны основные формы культа и литургии. В каноническое право были инкорпорированы многие практические установления, имевшие основополагающее значение для церковной организации и дисциплины. Получило распространение монашество. Наконец, были сформулированы и сведены воедино главные принципы социальной доктрины церкви и личной этики христианства. Тем не менее победившее христианство не представляло единой доктрины, но скорее было весьма подвижным и многозначным соединением догматов и концепций, объединенных библейско-евангельским сводом, в свою очередь внутренне весьма противоречивым, далеким от логической стройности. Это открывало возможность самых разнообразных интерпретаций и построения на его основе зачастую враждебных друг другу идеологических схем.
Тринитарные и христологические споры, бушевавшие в Средиземноморье с конца III вплоть до конца VI в., породили множество еретических течений, отражавших борьбу внутри самого христианского учения. Наиболее значительные из них, такие как арианство, донатизм, пелагианство, присциллианство, несторианство, монофиситство, оказали заметное влияние и на судьбы средневекового христианства. Так, арианство, отрицавшее один из основных догматов ортодоксальной христианской доктрины о единосущности бога-отца и бога-сына (Христа), несмотря на неоднократные осуждения на соборах, пустило крепкие корни среди варварских народов. По арианскому образцу приняли христианство остготы и вестготы, вандалы и некоторые другие племена.
В борьбе с донатистами, выступавшими за сохранение идеалов раннего христианства, проповедовавшими евангельскую бедность и чистоту клира, и пелагианцами, отрицавшими наследственную силу первородного греха и отстаивавшими свободу воли, значение нравственно-аскетических устремлений самого человека, вырабатывались основы католицизма; Аврелий Августин закладывал фундамент господствовавшего в средневековой Западной Европе мировоззрения.
На Востоке тринитарно-христологические споры в итоге привели к торжеству православия. Однако последователи осужденного константинопольского патриарха Нестория (428—431), утверждавшего, что Христос, будучи рожден человеком, лишь впоследствии стал сыном божьим, образовали свою несторианскую церковь в странах Востока — от Ирана, Средней Азии и до Китая, продолжающую существовать и в настоящее время. Монофиситство, возникшее в Византии в конце V в. как реакция на несторианство и трактовавшее соединение двух природ в Христе как поглощение человеческого начала божественным, получило особенное распространение в восточных провинциях Византии: Египте, Сирии, Армении. Оно и доныне господствует в армянской, эфиопской, коптской и «якобитской» сирийской церквах.
