Во время парада на Красной площади по случаю годовщины Великой Октябрьской революции Сталин обратился с речью к войскам, которые прямо с парада шли на фронт. Ценой огромного напряжения всех сил первое наступление немцев было отбито. К середине ноября они вновь перешли в наступление, в отдельных точках подойдя к советской столице на 20 километров .
Однако запланированный Гитлером парад германских войск в Москве не состоялся. Немцы были остановлены и отброшены. Советское контрнаступление оказалось успешным, линия фронта была отодвинута далеко от Москвы. Однако в дальнейшем Сталин напрасно пытался форсировать продвижение вперед, к началу апреля наступление выдохлось, фронт на короткое время стабилизировался.
Начало войны застало Советский Союз неподготовленным. Если нападение было неожиданным для высшего руководства, то это еще в большей степени относится к войскам, к офицерам и рядовым солдатам. Речь идет не просто о том, что не было завершено сооружение линии обороны позади новой границы, а о том, что в момент нападения часть офицеров была не в расположении своих частей, войска, стоявшие па границе, не были полностью доукомплектованы, а глубина их дислокации являлась недостаточной. Дивизии, находившиеся в первом эшелоне, обороняли слишком широкие полосы, поэтому немцы в точке удара легко достигали численного перевеса.
Стратегические ошибки высшего военного командования усугубили трудности. Довольно долгое время Сталин был неспособен порвать с догмой, гласившей, что войну нужно вести на территории противника. Он упрямо придерживался мнения, что войска должны любой ценой удерживать занятые позиции. Отступать нельзя было даже тогда, когда войска могли занять более выгодные позиции с точки зрения стратегической обороны. Директива № 2 Наркомата обороны, отданная в 7 часов утра 22 июня, была просто невыполнимым и бессмысленным приказом, свидетельствовала об искаженном понимании обстановки. Такое негибкое мышление в подходе к руководству военными действиями привело к громадным людским потерям. Это произошло с войсками Западного фронта в первые же дни войны, затем в июле — августе в районе Смоленска в «котлах» окружения, позднее в районе Киева. В телеграммах из-под Киева представитель Ставки маршал Буденный предупреждал, что отсрочка отступления может привести к громадным потерям войск и военного снаряжения. Ответ Сталина был лаконичным: «Киев был и останется советским. Отступление не разрешаю. Приказываю защищать Киев и Днепр». Юго-Западный фронт потерял две трети своего состава. Однако, если бы командование вермахта, привыкшее к легким победам, не было таким самоуверенным, оно бы могло заметить, что в России немцы встретили другое сопротивление, нежели в Западной Европе.
В боях с Красной Армией, защищавшей каждую пядь земли, немцы, даже в период своего самого быстрого продвижения, несли бОльшие потери, чем в любой из своих предыдущих кампаний. Планы «блицкрига» рухнули.
8 августа Сталин был назначен Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами СССР. Он возглавлял Ставку Верховного Главнокомандования. С 19 июля он занял пост наркома обороны, освободив от этой должности С. К. Тимошенко. В начальный период войны Главнокомандующий не проявил своих полководческих способностей. Современники единодушно отмечают его чрезвычайную способность разбираться в обстановке, огромную работоспособность и исключительную быстроту, с которой он осваивал и запоминал даже мельчайшие технические детали. Но его представления о стратегии были в определенной мере устаревшими, они были связаны с опытом гражданской войны.
Мы уже отмечали склонность Сталина отвергать идеи о стратегической обороне. Большой вред принесло в начале войны его стремление постоянно навязывать советским войскам наступление. Даже в условиях катастрофического положения на Западном фронте в первые дни войны Сталин понуждал к наступательным боям. Под Москвой он нетерпеливо подстегивал войска к переходу в контрнаступление, когда сил хватало только для обороны. После успешного наступления под Москвой советские войска к лету 1942 года опять попали в стратегически невыгодное положение.
Согласно мемуарам некоторых генералов, занимавших высшие посты в Генеральном штабе, мышление Сталина было схематично, он не терпел, когда ему высказывались возражения. Им были допущены немалые ошибки в подборе командного состава, затем некоторых выдвинутых им самим лиц Сталин необоснованно обвинил в предательстве. Были отданы под трибунал и расстреляны генерал армии Д. Г. Павлов, командующий Западным фронтом, и ряд подчиненных ему генералов и высших офицеров.
Ряд исследователей утверждают, что именно личный пример Сталина помог остановить поток бегущих из Москвы. Однако некоторые историки подвергают сомнению то, что Сталин находился в Москве в критические дни обороны столицы. Так, по мнению Р. Медведева, в момент паники, начавшейся 16 октября, он тоже покинул город и несколько дней отсутствовал. Другие исследователи полагают, что его отсутствие было более длительным.