На советской стороне провал подготовки к нападению Германии, неспособность даже поднять по тревоге жизненно важные приграничные войска и привести их в состояние боевой готовности, буквально за пару часов расстроили всю советскую стратегию. Идея, что легкие пограничные войска, не оснащенные тяжелой боевой техникой, будут удерживать наступающие силы противника, пока армия будет мобилизована, сконцентрируется для того, чтобы начать наступление на врага, и отбросит его на его собственную территорию, оказалась полной фантастикой. Наступательный принцип советской стратегии имел смысл только в случае, если бы врагу потребовалось время для проведения мобилизации и он был бы меньшим по численности. Неразбериха, вызванная внезапным нападением огромной армии, уже расположенной по боевому расписанию, была полнейшей. Из Москвы звучали безумные призывы к советским войскам идти в наступление, парализовать врага, отбросить его за пределы советской территории, но все это было совершенно бессмысленно. Там, где советские части пытались подняться в атаку, их брали в двойной охват и уничтожали. Сталин неделями оставался вне контакта с военной реальностью, но не потому, как утверждал Хрущев в годы десталинизации, что он был полностью разбит. Данные свидетельствуют о том, что Сталин немедленно приступил к активной работе. В первые недели войны он проклинал и отругивал своих коллег и армейских генералов, но продолжал сохранять контроль над ними, а скорее полностью контролировал ситуацию. Журнал записей его кабинета свидетельствуют о нескончаемом потоке посетителей и многочисленных консультациях. 29 посещений 22 июня начиная с 5.45 утра, когда обрушилась новость о нападении германских войск, до 4.45 вечера; на следующий день заседания начались в 3.00 утра и продолжались до 2.00 следующих суток; заседания и встречи продолжались до 11.30 или 12.00 ночи все следующие дни43. Измученный и подавленный вид Сталина был следствием не паралича, а отчаянного и безумного напряжения работы. В воскресенье 29 июня он отправился на свою дачу в окрестностях Москвы и оставался там до понедельника, занимаясь подготовкой обращения к советскому народу и составляя две важные директивы, касающиеся советских военных усилий. К 1 июля он вернулся в Кремль в качестве Председателя Государственного комитета обороны, учрежденного законом, принятым за день до этого, и два дня спустя обратился с речью к народу, заявив о том, что Советское государство «вступило в схватку с самым злобным и вероломным врагом» и что это «не обычная война», а война не на жизнь, а на смерть44.
В первые месяцы войны Сталин настаивал на том, чтобы Красная Армия стояла насмерть или контратаковала, хотя отход на более защищенные рубежи представлялся более целесообразным с оперативной точки зрения. Начальник Генерального штаба Жуков был смещен со своей должности за то, что предложил оставить территории врагу, отойти и окопаться, чтобы консолидировать свои силы. Сталин исходил из того, что он сам является Верховным главнокомандующим вооруженными силами, он сделал свой кремлевский кабинет центром принятия военных решений СССР и уже привычно не доверял армейскому командованию, тем самым ухудшая и без того тяжелое положение. Вскоре немецкая группа армий «Центр» начала финальное наступление на Москву; большая часть советского правительства была эвакуирована в город Куйбышев. Пока Гитлер тайно злорадствовал в Берлине, Сталин стоял перед очень трудным выбором. Он, по общему мнению, отнюдь не был мужественным человеком. Решение остаться в Москве, когда бронированные части германской армии беспрепятственно продвигались все лето и осень и теперь стояли в восьмидесяти милях от столицы, поставило Сталина перед большим риском. В некоторых слоях населения Москвы началась паника; тысячи людей покинули столицу, другие грабили продуктовые магазины или воровали из квартир граждан, уже покинувших город. Дым и пламя немецких воздушных атак смешались с огромными кострами, в которых спешно жгли государственные документы, чтобы они не попали в руки врага. Но также тысячи москвичей столпились в центре города, требуя от правительства решительного сопротивления. 19 октября было объявлено осадное положение. В тот же день Сталин принял историческое решение остаться в Кремле, на которое, возможно, повлиял пример обычных людей, демонстрировавших преданность и решимость, о чем ему сообщали.
Он заявил своей охране на даче: «Мы не сдадим Москву»45. Он вернулся в столицу и отдал жесткие приказы для наведения порядка.