Последний всплеск религиозной активности общины пришёлся на праздник Йом-Кипур, который состоялся 18 сентября 1953 года. В синагоге присутствовало более 500 человек. Такая активность прихожан, как считает Д. Вайсерман, вызвала ответную реакцию власти. Была разработана операция по дискредитации общины спровоцированной дракой и ночным погромом в здании синагоги. Это стало поводом для принятия решения исполкомом областного Совета народных депутатов в ноябре того же года о закрытии синагоги. Это было начало конца её существования. Драка и скандал рассорили прихожан, и они перестали ходить в синагогу.
Упадок религиозной деятельности общины был естественным на фоне крайне жестоких мер, принимавшихся с 1949 года как к руководителям области, так и к еврейской интеллигенции, в числе которых были писатели, поэты, учителя, артисты. В этот период были закрыты областной музей, еврейский театр им. Л.М. Кагановича, прекратилось изучение языка идиш в школах. Это было наступление по всему фронту под флагом борьбы с «буржуазным национализмом и космополитизмом».
В докладе первого секретаря обкома ВКП(б) А. Бахмутского в феврале 1949 года, в разделе «Вопросы идеологической работы», отмечалось: «…обком партии допустил серьёзную ошибку, совершенно забросив антирелигиозную пропаганду, хотя сигналы активности религиозников у обкома были. Обком не сделал для себя выводов даже после того, когда члены некоторых наших руководящих работников, в т. ч. и областных, начали посещать синагогу. Бюро обкома ограничилось тогда внушением этим работникам, но не организовало обсуждения в партийных организациях вопроса об отношении партии к религии… Надо развернуть активную наступательную антирелигиозную пропаганду, как против иудейской, так и против христианской религии…».
Но даже эти признания не помогли Бахмутскому, который вынужден был балансировать на грани борьбы с властью за национальное развитие области и преодоления сильнейшего давления на него, выразившегося в предъявленных к нему обвинениях в «буржуазном национализме», потворстве «космополитам». Через два года А. Ярмицкий вместе с А. Бахмутским и М. Левитиным были исключены из партии за «буржуазный национализм и космополитизм». Их позиции в политических и национальных вопросах признаны ошибочными. Они были осуждены на различные сроки и впоследствии реабилитированы.
Судьба уготовила этой синагоге печальный конец. В книге И. Эмиота «Биробиджанское дело» есть небольшой рассказ о событиях тех дней. Эмиот как очевидец событий описывает атмосферу трагедии, эмоции людей, принимавших участие в спасении имущества синагоги и тушении пожара, без которых трудно ощутить прошлое время, (перевод с идиш мой —
«Евреи, произошло несчастье. Биробиджанская синагога сгорела. Много прихожан в ней не было. Она действовала уже не так активно. Только раз в неделю, в субботу, туда ходили помолиться. В основном приходили старики, старушки, но на праздники Рош га-Шана и Йом-Кипур была полная. Тогда приходила и молодёжь, которая заранее просила у бригадира на производстве дать выходной, обещая потом за этот день отработать в течение недели.
Пожар начался от мастерской, которая стояла неподалёку. Здание сгорело полностью вместе с соседними домами. Во время пожара они еле успели спасти свитки Торы. Они не стали дожидаться приезда пожарников, религиозные евреи бросились в огонь, чтобы спасти свитки и всё, что осталось. Они даже спасли несколько разорванных молитвенников и сидур.
Биробиджанское небо стало красным от огня. В этом огне ушло последнее звено еврейской культуры, за которое они держались из последних сил. Потом группа евреев приобрела домик, чтобы продолжить еврейскую традицию. Это был маленький дом, который стал островком для древней еврейской культуры и традиции, вокруг которого образовался современный иудаизм, представлявший собой пустоту».
Безусловно, ценны воспоминания Майзлер Нины (проживает в настоящее время в Израиле), дочери Б. Майзлера — шойхета Биробиджанской синагоги, записанные в мае 2008 года: «Отец пришёл после пожара весь в копоти. Вместе с прихожанами он спасал всё, что можно было вынести из синагоги: свитки Торы, молитвенники, книги, рог шофара, вещи, среди которых были талесы, тфиллин, меноры и т. п. Все самое ценное прихожане перенесли к нам в дом. Книги, вещи лежали по всем углам дома. Через месяц папа заявил, что мы с ним поедем на Украину.
