Вторая половина 60-х годов в истории приказа связана с именем Ермолая Михайловича Баскакова ы, сменившего И.Л.Монастырева в 1665 г. Под его командованием в 1667 г. стрельцы несли службу в Севске, за которую их голова был пожалован 50 ведрами вина и 10 полотами ветчины. После короткой передышки в феврале 1668 г. приказ Баскакова был вновь отправлен на Украину, в поход против запорожских черкас гетмана И.Брюховецкого в составе полка воеводы князя ЮАДолгорукого.
Борьбу с «москалями», после гибели гетмана Левобережной Украины, продолжил заднепровский гетман П.Дорошенко, вступивший в союз с турецким султаном. В это неспокойное время (1673 — 74) в черкасских городах со стольником и воеводой И.И.Вердеревским нес службу и приказ Алексея Васильевича Жукова15В, возглавлявшего местных стрельцов с начала 1671 г. В августе 1675 г. стрельцы были вновь посланы в Киев и позднее приняли участие в обороне Чигири-на. Против турецких войск они действовали уже под командованием нового головы — Матвея Михайловича Вешнякова. Возвратившись в Москву, стрельцы — прихожане Троицкого храма по инициативе пятидесятников Назара Перфильева и Андрея Оленова начали строительство его нового каменного здания, завершившееся в 1678 г ,й.
Вскоре семь сотен Матвеева приказа Вешнякова, в которых насчитывалось 689 человек, вновь были направлены в Малороссию в составе полка воеводы князя М.Ю.Долгорукого.
Длительная и безуспешная война, надолго отрывавшая стрельцов от их семей и столичных промыслов, неспособность правительства полностью выплатить причитающееся им за службу денежное и хлебное жалованье не могли не повлиять на настроения вешняковских стрельцов, ставших активными участниками событий 1682 г. 29 апреля вместе с большинством других московских стрелецких полков они подали челобитную на своего полковника, обвинив его в различных злоупотреблениях. По требованию стрельцов, М.М.Вешняков был отставлен от должности и приговорен к битью батогами.
Во время правежа, учиненного над бывшими полковниками 5 мая, полковник отделался легким испугом, простояв в ожидании наказания раздетым по пояс перед зданием Приказов. В этот раз стрельцы пощадили его. Тучи стали вновь сгущаться над ним в июне, когда по доносу своего холопа был арестован его отец, обвиненный в желании собрать боярских людей для избиения стрельцов. 14 июня престарелый дьяк Михайла Вешняков скончался под пыткой. Был взят в застенок и его сын Матвей. Однако на пытке он ни в чем не признался и лишь умолял своих мучителей разрешить ему постричься в монахи. Так и не добившись от бывшего полковника нужных показаний, стрельцы приговорили его к пострижению и ссылке.
В непростой ситуации оказался и новый командир полка, бывший севский воевода Василий Аврамович Лопухинназначенный на эту должность еще 1 мая. Всем известная близость Лопухиных к Нарышкиным, столь ненавистным в стрелецкой среде, делала его положение крайне шатким. Однако ему, в отличие от старших братьев, удалось избежать не только репрессий, но и стать очевидцем падения Хованских. В конце 1682 г. большинство полков, находившихся в Москве в период «хованщины», были выведены на службу в разные города. Незадолго до посылки полка на Украину ВАЛопухина сменил стольник и полковник Василий Сергеевич Борков161, командовавший местными стрельцами до начала 90-х годов.
Чистка стрелецких рядов, проведенная правительством в это время, значительно сократила их число. С 1682 по 1689 год численность стрельцов в полку Боркова сократилась с 850 до 710 человек, которые приняли участие во втором Крымском походе в составе полка воеводы князя В.В.Долгорукого. За этот поход В.С.Борков наряду с другими полковниками был пожалован серебряным ковшом, «пор-тищами объяри», придачей к поместному окладу в 250 четей земли, к окладу денежному 30 рублями. Кроме этого в вотчину ему было передано из поместных земель 150 четей.
Свои земельные владения В.С.Борков значительно увеличил осенью 1690 г., когда ему была передана часть арзамаского поместья опального князя В.В.Голицына, за которой числилось 225 четей пашни, Это пожалование стало благодарностью царя Петра Алексеевича за верность полковника, явившегося в Троице-Сергиев монастырь к концу августа 1689 г. в решающие дни противостояния юного государя и его властолюбивой сестры. Вслед за своим командиром в Троицу двинулись выборные стрельцы его полка, которых возглавил полковой пристав. 1 сентября в монастыре находилось 38 борковских стрельцов, принесших с собой сказку оставшихся на Москве однополчан, в которой говорилось о готовности всего полка верно служить великим государям. Свое слово местные стрельцы держали до конца.
