В тот же день по царскому указу в Троицу отправились все бояре и прочие думные чины. Царю Ивану Алексеевичу
Скорый розыск по делу Ф.Л.Шакловитого и его сообщников, проведенный в стенах Троице-Сергиева монастыря, предопределил бесславный финал регентства царевны Софьи Алексеевны и крах политической карьеры ее ближайших сподвижников. 11 сентября по царскому указу с боярским приговором «за умысел убить Великуто государыню Наталью Кирилловну, да Бояр и Ближних людей» велено было казнить смертью Ф.Л.Шакловитого, стрельцов А.Петрова и К.Чермнош, Битью кнутом и ссылке в сибирские города на вечное житье подлежали еще около 30 человек разных чинов, в том числе и стрелецкий полковник С.Ю.Резанов, остававшийся до конца верным государыне и Ф.Л.Шакловитому. Подполковника М.Шеншина, избивавшего стрельцов, прибывавших из Троицкого монастыря с царскими грамотами, приговорили к битью батогами и лишению «стольничества и полковничества» 4. 5 октября последовал указ о смертной казни ближайших клевретов Шакловитого Н.Гладкого и С.Медведева, еще 12 человек подлежали ссылке в дальние города. Однако розыск главных преступников занял больше года. Приговор, вынесенный Гладкому и Медведеву, был приведен в исполнение только в феврале 1691 г. Отдельными указами в течение осени 1689 г. были отправлены в ссылку князь В.Б.Голицын, окольничие Л.Р.Неплюев и В. А.Змеев. Целый ряд думных чинов лишился своих постов в приказной администрации. Подлежали замене и некоторые командиры стрелецких полков, не проявившие должной лояльности царю Петру.
С падением царевны Софьи, заточенной в Новодевичий монастырь, и князя В.В.Голицына первенство в новом составе правительства перешло к боярину Л.К.Нарышкину, ставшему главой Посольского приказа. Петр с большим облегчением отдал все рутинные дела по управлению государством своему дяде и матери, а сам с прежним энтузиазмом придался своим любимым «потехам». Особое расположение царицы Натальи Кирилловны к родне супруги «Петрушеньки» предопределило небывалый взлет еще недавно малоприметной семьи Лопухиных. За период с 1690 по 1692 год боярством были пожалованы пятеро братьев отца молодой царицы, которые заняли влиятельные посты в руководстве целого ряда приказов. Однако триумф Лопухиных продлился недолго. После смерти Натальи Кирилловны в 1694 г. Петр окончательно охладел к своей жене, что незамедлительно сказалось на положении ее родни.
Не только среди бояр, но и в простом народе многие сожалели о том, что царь «уклонился в потехи, оставя лутшее начал творити всем печальное». Большое недовольство среди придворных и приказных людей вызвал Кожуховский поход Петра, состоявшийся осенью 1694 г, Согласно плану учений «русское» войско князя Ф,Ю,Ромодановского должно было приступом овладеть крепостью «польского короля» И.И.Бутурлина. Для участия в походе было задействовано до 30 тысяч человек. При распределении воинских подразделений и начальных людей на «русских» и «поляков» отчетливо проявились все симпатии и антипатии Петра. На стороне государя выступили Преображенский и Семеновский «потешные» полки, оба выборных солдатских полка (Лефортов и Бутырский), выборные роты рейтар и гранатников, 20 рот стольничьих. Весьма символично, что в стане неприятеля оказались шесть стрелецких полков, несколько рот дьяков и подьячих, во главе которых стояли «дворовый воевода» князь А.И.Голицын, бояре П.А.Лопухин Большой, его братья — Федор, Василий, Сергей и некоторые другие лица.