Очевидный разрыв между Петром и Софьей сильно взволновал стрелецкий гарнизон, первое время наблюдавший со стороны за разворачивавшимися событиями. Несмотря на запрет, город стали покидать делегации от полков и их командиры. За период с 29 августа по 1 сентября в Троицу прибыло 14 стрелецких полковников, 3 подполковника и 912 человек иных чинов (10 пятисотенных, 9 приставов, 133 пятидесятника, 480 десятников и 280 рядовых). «Во втором часу нощи» 31 августа перед собравшимися были зачтены выписки из распросных речей и изветов стрельцов об умысле Ф.Л.Шакло-витого. В присутствии царицы Натальи Кирилловны и патриарха стрельцы заверили Петра Алексеевича, что об умысле Федьки им ничего неизвестно и о своей готовности по-прежнему верой и правдой служить государям.
1 сентября в Москву был отправлен отряд стрельцов во главе с полковником И.К.Нечаевым, который должен был доставить Софье указ о выдаче Ф.Л.Шакловитого и его сообщников. Разгневанная царевна повелела отрубить голову полковнику, но вскоре его помиловала. Прибывших с Нечаевым стрельцов правительница распорядилась собрать у Красного крыльца и лично обратилась к ним со словами: «Для чего вы приехали? и с каким указом? чему вы тому верите, что вам в Троицком монастыре прочитали, те письма от воров составлены и вы без указу с Москвы в Троицкой монастырь не ездите для того: брат мой, Петр Алексеевич, меня к себе в монастырь не допустил. И за которыми людьми вы присланы, и я их вам не отдам для того: будет отдать вам девять человек, а они оговорят и 900 человек, чему тому верить? Довелось прислать тех к Москве для розыску, которые их оговаривают, и я вас не отпущу, и которые пойманы и сидят на съезжих избах — не дам и для того в Троицкой монастырь пошлю боярина. Знатно то дело клонят, хотят меня извести. Злые люди учинили между нами ссору и научили говорить об умысле против царя Петра Алексеевича и других, Зависгию к верной службе и радению Федора Шакловитого назвали его заводчиком злого умысла. Чтоб разведать обо всем, я сама пошла к Троице, но царь Петр Алексеевич велел меня остановить но наущению злых советников, и должна была я возвратиться с великим срамом. Всем вам ведомо, как я эти семь лет правительствовала, а приняла правительство в самое смутное время, учинила славный вечный мир с христианским соседним государем, а враги креста Христова от оружия моего в ужасе пребывают. Вы за ваши службы пожалованы нашим великим жалованьем, и милость нашу к себе всегда видели. Ужели после того вы нам учинитесь неверны, поверивши вымыслу злых людей, которые всему христианству добра не желают и смуту заводят. Не головы Федора Шакловитого ищут, ищут головы моей и брата моего Ивана Алексеевича»3.
По случаю наступившего Нового года в Кремль была приглашена вся московская знать, а также служилые иноземцы, выборные от стрельцов, солдат и посадских людей. Софья вновь произнесла перед народом речь в оправдание своих действий и велела угостить всех водкой. На следующий день государыня приказала «поставить прибылой караул в Кремле на Лыковом дворе по полку, переменяясь посуточно, а того числа поставить на караул Семенов полк Резанова с полковником». Караульным, стоявшим по воротам Земляного города, велено было «всяких чинов людей, которые придут из похода имать и приводить на стенной караул. Да того ж числа московских стрельцов, которые присланы из походу, имать и приводить на стенной караул».
Эти распоряжения были отданы в связи с тем, что 2 сентября в Москву для поимки Ф.Л.Шакловитого прибыли полковники С.Г.Сергеев и И.М.Спиридонов со сводным отрядом из 40 стрельцов. Софья не желала отдавать на расправу своего фаворита. Однако на следующий день Боярская дума, окончательно убедившись в победе Петра, приняла решение выдать заговорщиков «к великому государю в Троицкой поход». С известием о думском приговоре в монастырь отправился полковник Сергеев, но Шакловитый по-прежнему оставался на свободе. Царевна укрыла верного окольничего в дворцовой церкви св. Екатерины и до последней возможности упорствовала в его выдаче. Лишь после того, как б сентября к дворцу подступила большая толпа стрельцов и стала требовать отдать им Федьку, Софья смирилась и выдала своего любимца.
