Вскоре после блистательного старта у Русской мысли начались проблемы. Номера 1907 года дышали свежестью и были переполнены новыми именами. Но потом журнал стал портиться, в основном из-за того, что ни один из соредакторов почти не уделял ему времени. В 1908 году оба приступили к работе над диссертациями. Струве с головой погрузился в исследования, итоги которых пятью годами позже превратились в первый том «Хозяйства и цены», а Кизеветтер вносил последние штрихи в свою докторскую, посвященную Жалованной грамоте городам, изданной Екатериной II. После завершения работы над диссертацией весной 1909 года Кизеветтер по рекомендации Ключевского возглавил кафедру русской истории Московского университета; кроме того, он преподавал в других учебных заведениях, включая Народный университет[37]. По несчастливому стечению обстоятельств (о причинах этого речь пойдет ниже) зимой 1908–1909 годов оставил пост литературный редактор Русской мысли Дмитрий Мережковский. Сразу после его ухода уровень поэзии и беллетристики в журнале немного повысился, но затем вновь упал; постепенно первую часть журнала заполнили переводные работы, подбор которых был не слишком затруднителен и которые, в среднем, стоили на треть дороже, чем отечественные авторские произведения. К осени 1909 года Русская мысль выродилась в мрачное академическое издание. Сентябрьский номер, к примеру, украшали теоретическая статья по химии, высокопарное эссе Бердяева о «философском оправдании христианства» и несколько переводов. Следующий номер был не лучше: тут была статья по статистике, а также материал, в котором рассматривался домашний бюджет простонародья; литературная часть состояла в основном из переводов с польского, немецкого и датского.
Читательская аудитория, с самого начала не слишком обширная, начала сокращаться. К январю 1909 года у журнала осталось всего 2522 подписчика. Струве, мучивший Кизеветтера упреками и критикой, не мог сказать, что конкретно должно быть сделано. Журнал пребывал в постоянном бюджетном кризисе: в 1908 году дефицит составлял 11 тысяч рублей, в 1909 сократился до 4 тысяч, но в 1910 вновь возрос до 10 тысяч[38]. Кизеветтер полагал, что причины упадка издания лежали в «эзотеричности» его содержания: Русская мысль не может и не должна быть журналом для всех, писал он Струве, «но не издается ли она для слишком немногих7»[39]. Он считал также, что Струве уделяет недостаточное внимание выполнению своих редакторских обязанностей, и просил последнего сделать их приоритетными. Он постоянно звал Струве на редакционные совещания в Москву, и особенно настойчиво — в начале 1910 года, когда стало очевидно, что журнал не только не привлекает новых подписчиков, но и теряет прежних.
Между тем Струве медлил. Он был занят другими делами, включая «Вехи», дебаты вокруг которых поглощали большую часть его времени в 1909 году. Наконец, летом 1910-го, во время отпуска, проводимого неподалеку от Твери, он тщательно обдумал ситуацию и решил, что серьезные перемены неизбежны. Редакционное соглашение с Кизеветтером не работало; только единоличное редактирование вновь могло поставить журнал на ноги. Струве полагал также, что в дальнейшем журнал должен более широко освещать текущие события, а его литературный раздел следует решительно обновить.
В августе 1910 года Струве предложил Кизеветтеру полностью передать ему редакционное руководство Русской мыслью. Тот с радостью согласился, и Струве сделался «редактором-издателем», обладающим правом решающего голоса в отношении любого материала, который появлялся на страницах журнала. Он даже подумывал о переезде в Москву[40], чтобы быть поближе к редакции, но, в конце концов, оставил эту идею, поскольку такое перемещение вынудило бы отказаться от преподавания в Санкт- Петербургском политехническом институте. Из-за такого решения в течение последующих двух лет редакционный совет оставался расколотым: шеф-редактор жил в столице, а сама редакция размещалась в Москве. Пока подобное положение вещей сохранялось, Кизеветтер продолжал быть активным членом редакционного совета, но в 1912 году вышел из его состава, полностью посвятив свой журналистский талант либеральной газете Русские ведомости. Финансовые дела журнала, ранее находившиеся в ведении Лурье, теперь, по-видимому, перешли к Нине Струве. Пытаясь одолеть дефицит, Струве решил сократить объем каждого номера до двадцати пяти печатных листов[41] с января 1910 года, но выполнить это решение, вероятно, не смог, ибо уже следующий, февральский номер превышал тридцать листов. Наконец, новый редактор повысил цену годовой подписки с двенадцати до пятнадцати рублей.