Потихоньку, обходя японское законодательство, Николай в целях проповеди открыл в своем доме частную школу и стал учить японцев русскому языку. К вере обращалось все больше людей. Скоро в стране появился акт о веротерпимости, и тогда школа Николая была преобразована в духовную академию.
По Японии стали вырастать христианские общины и храмы. Например, судьба провинциального храма в городе Такасаки – это чудо: ни землетрясения, ни пожары, ни войны не причинили ему никакого вреда. И хотя во время Второй мировой войны в Такасаки был расквартирован военный гарнизон и город подвергался воздушным бомбардировкам, храм чудом уцелел, его только перенесли на другое место. Здесь бережно сохраняются метрики, в которых рядом с именем принявшего крещение часто стоит имя его крестного отца – святителя Николая. Сейчас верующих в Такасаки примерно 15 семей. В храме хранится икона Иисуса Христа, которая, как свидетельствует надпись на ее обратной стороне, пожертвована русскими пленными, жившими в Такасаки в 1904–1905 годах.
Как апостол Павел
Кафедральный Воскресенский собор, построенный русским святителем, до сих пор тут называют «Николай-до» (храм Николая). Он причислен к культурному достоянию Японии и долгое время являлся самым высоким зданием в Токио – это преимущество исчезло после мощного землетрясения 1923 года, когда город отстраивали буквально с нуля и вместо низких кварталов вырастали многоэтажки. Больше православный собор не возвышался над императорским дворцом.
Николай стал издавать здесь православный журнал «Церковный вестник» на японском языке. Согласно рапорту Святейшему синоду, на конец 1890 года православная церковь в Японии насчитывала уже 216 общин, и в них – 18 625 христиан.
Глава русской миссии проявил себя и как искусный дипломат, сглаживая конфликт из-за известного «инцидента в Оцу», когда на русского цесаревича Николая, нашего будущего последнего императора, посещавшего Японию, напал самурай-полицейский из охраны.
Страна восходящего солнца оказалась в крайне затруднительном положении. Семи военным кораблям России, сопровождавшим престолонаследника, ничего не стоило уничтожить весь японский флот. Русские отказались от помощи японских врачей. Ситуация накалялась. Тогда наследник престола имел беседу с главой Духовной миссии в Японии епископом Николаем – и один Николай убеждал другого решить дело миром, не доводить до войны. Император Японии лично приехал к цесаревичу и даже взошел с ним на борт корабля. Извинения были приняты.
Война случится позже. Для еще не окрепшего здесь православия она станет вызовом. Православных японцев в 1905 году будут называть предателями, а Николаю грозить смертью как шпиону. Епископ, как мог, старался публично разъяснять, что православие не есть просто русская национальная религия. Считая патриотизм естественным и верным чувством христианина, он разослал по всем храмам официальные послания с предписанием молиться о победе японских войск, но сердце Николая разрывалось, так как победа эта означала поражение его собственного Отечества. Он даже не участвовал в общественных богослужениях, не мог поминать местные власти, и свои не мог. Поэтому на литургии просто частно молился в алтаре.
В результате Николай в пору этой войны был единственным русским, кто получил разрешение остаться в Японии! И даже в это время, в условиях ненависти японцев к России, Николай продолжал крестить новообращенных: в православие приходило около 600 японцев в год.
Было создано Православное товарищество духовного утешения военнопленных. Японские священники, знавшие русский язык, оставили свои приходы и направились в лагеря военнопленных: служить, исповедовать, причащать. А на Пасху 1905 года ни один из 72 тысяч русских военнопленных в Японии не остался без подарка.
Современники свидетельствовали об удивительном аскетизме епископа: он жил в одной комнате, ходил в одной рясе, считал каждую копейку – миссия была нищей. Называл себя спичкой в руках Бога – мол, если где огонек и зажегся, так оттого, что Бог спичку поднес. Личной заслуги никакой в этом он не видел, хотя и работал по 14 часов в сутки.
После кончины архиепископа Николая японский император Мэйдзи лично дал разрешение на захоронение его останков в пределах города.