Иудеи отправляются к императору Нерону, прося его не допустить приезда Павла в Рим. Они обвиняют его в том, что он хочет уничтожить их. Нерон заверяет их, что он запретит кораблю с Павлом бросить якорь у берегов Италии. Но те из иудеев, которые были крещены Петром, предупредили Павла и заверили его в своей преданности, ибо они, как сказано в апокрифе, «не отделяют Петра от Павла и Павла от Петра». Это заявление, включенное в Деяния, дает нам косвенное свидетельство того, что примерно во время создания Деяний представление о единстве двух апостолов только формировалось, и его нужно было подчеркнуть.
Павел прибыл в Сицилию, где прятался от преследования властей. Сочувствующий ему корабельщик отправился в гавань, местные чиновники приняли его за Павла, схватили, отрубили голову и послали ее в Рим императору. На этом эпизоде можно задержаться — пострадал вместо Павла не его враг, что было бы более естественно с точки зрения массового сознания христиан, а его ни в чем неповинный друг, и никакого чуда по его спасению не произошло. Вместо такого чуда Павел просит Бога отомстить городу, где произошло убийство. Конечно, эпизод не историчен, ни по существу, ни с точки зрения психологии реального Павла. Но рассказ этот показывает, что для низов христиан спасение почитаемого апостола важнее человеческой жизни, хотя это и противоречило нравственным проповедям Иисуса, как они переданы в Евангелиях. Город был разрушен и поглощен землей во время землетрясения. Мотив страшного наказания не только конкретных виновников, но всего языческого населения целого города характерен именно для психологии толпы, одержимой жаждой мести.
Павел прибыл в Италию и после некоторого промедления отправился в Рим, предупредив Петра, который был в это время в столице. В апокрифе приведена дискуссия Павла с иудеями, обвинявшими его, еврея по рождению, что он разрушил Закон, на что Павел отвечает, что иудеи могут соблюдать предписания Закона, в частности отдыхать в субботу, как и Бог. Здесь сделана попытка сохранить образ Павла, как он вырисовывается в его посланиях, где он выступает за несоблюдение иудейских установлений только для необрезанных. Но иудеи не были убеждены — они собрались у дверей дома, где обитал Павел, и у них произошел конфликт с язычниками. Иудеи обвиняли язычников в поклонении идолам, а в уста язычников в апокрифе вложены слова, обвинявшие иудеев в отступничестве во время скитаний по пустыне. При этом язычники заявляют, что теперь поверили в Спасителя, которого иудеи отвергли. Этот спор показывает упорство иудеев в преданности своей вере и подчеркивает успехи в христианизации язычников. Во П веке и позже распространение христианства происходило именно в языческой среде.
Далее в апокрифе приводятся выступления Павла и Петра, в результате которых «многие уверовали». Среди них названы жена Нерона Ливия (у Нерона не было жены с таким именем, это имя носила жена императора Августа) и любовница Агриппы, а также некоторые приближенные императора. Введение личных мотивов для действий противников христиан характерно и для других деяний, тем самым в них не признаются религиозно-политические соображения властей. Интересно сообщение о том, что крестились и воины, которые не пожелали вернуться в армию или во дворец. Отказ отдельных христиан служить в армии исторически достоверен. Он служил одной из причин выступлений властей против христиан, хотя впоследствии христиане встречались в армии достаточно часто. Сообщение об уходе христиан из армии подтверждает датировку отдельных частей Деяний Петра и Павла вторым веком.
Затем, по существу без связи с предыдущими рассказами, в апокрифе появляется все тот же Симон маг, движимый завистью. Симон для привлечения сторонников совершает разные чудеса — заставляет мраморные статуи смеяться, а сам поднимается в воздух. Петр выступает против него, называя тех, кто поверит ему, рабами дьявола, тем самым связывая чудеса Симона с происками злых сил. Однако многие богобоязненные люди поверили Симону, и это стало известно Нерону. Император призывает к себе Симона, тот объявляет себя спустившимся с небес сыном Бога и запугивает Нерона: если тот не погубит Петра и Павла, его царство будет уничтожено. Петр и Павел являются к Нерону для противостояния Симону. Симон утверждает, что апостолы принадлежат к роду людей, которые все время противятся ему, а Петр рассказывает Нерону об Иисусе, при этом ссылается на донесение Пилата императору Клавдию.