Приход Генриха III к власти не вызвал противоречий. В 21 год он обрел достаточный опыт, так как еще мальчиком сопровождал отца в частых поездках. Даже после его смерти Генрих обращался к примеру отца. Но он совсем не походил на Конрада. В нем не было отцовской жизненной силы и крепости, а воспитание лишь усилило свойства его чувствительной натуры. Книги, музыка, архитектура привлекали Генриха гораздо больше, чем хотелось Конраду, для которого искусства представляли интерес, лишь когда они были выгодны ему как монарху. Исключительная серьезность Генриха побуждала его ставить настолько высокие задачи, что он рисковал впасть в идеализм, игнорируя строгие законы политической реальности.
Генрих III попеременно прибегал к строгости и милости, то будучи несгибаемо строгим, то преисполненным великодушия. Одних он удивлял неожиданными решениями, других выводил из себя, провоцируя жестокость. Эти крайности сводили на нет эффективность его действий. В отличие от Конрада Генрих был правителем лишь в той мере, в какой нуждалась его вера. Если Конрад считал возможным в интересах королевства продавать церковные должности, то Генрих не позволял себе подобных действий. Евангелические призывы князей и прелатов «жить как апостолы», захватили Генриха, и он совершал чрезмерно экспрессивные поступки.
Достаточно привести два примера. - После победы над венграми в 1044г., во время благодарственного молебна и покаяния Генрих во власянице первым падал ниц перед Святым Крестом. За год до этого, во время свадьбы с Агнессой де Пуату, старавшейся укрепить связь супруга с монашеским миром, молодая пара выгнала жонглеров и музыкантов. Такая строгость не нравилась двору и людям, несшим убытки во время поездок по стране, и популярность правителя и его жены страдала от этого. Аскетическая жизнь была полезна для духовного развития лиц королевской крови, но политически ошибочно было требовать от беззаботных придворных духовного совершенствования. Искусство управления плохо сочеталось с безграничным идеализмом и вызванной им непримиримой серьезностью, заставлявшей Генриха совершать ошибки, иногда с тяжелыми последствиями. Он исказил некоторые навыки управления, унаследованные от предшественников, чрезмерно затягивая пружины власти или из милосердия ослабляя их там, где требовалась строгость.
Укрепляя власть, Генрих заботился о внешнем ее проявлении. Он перестраивал и возводил новые здания соборов. Серебряные рудники близ Раммельсберга пополняли деньгами сокровищницу императора, и франконец Генрих превратил этот саксонский регион в свою кладовую. Поставленные им возвышенные цели мешали ему напрямую руководить герцогствами, как завещал его отец. В 1042-47гг. Генрих передал Баварию, Швабию и Каринтию во власть выбранных им самим герцогов, не советуясь с представителями знати этих регионов. Новые лица не были выходцами из провинций, которыми должны были управлять, и совсем не бывали там или проводили очень мало времени. Так искоренялось желание герцогов представлять свою народность; в глазах своих подданных они являлись лишь наместниками правителя.
Объединенная Конрадом Лотарингия вновь была разделена, что спровоцировало мятеж ущемленного в правах Годфрида Бородатого, а затем крупные волнения начались на западной границе королевства. На востоке империи угрожала Венгрия, с 1050г. вновь проявлявшая враждебные устремления и отказавшаяся принять мирный договор, заключенный своим королем Петром. Регион, находившийся под угрозой чешского вторжения, был приведен в боевую готовность, а ценное королевское имущество перевезено в Нюрнберг.
Генрих III больше не ограничивался рекомендациями к действию. Стремясь прослыть миротворцем, он предписывал заключение мирных договоров и союзов между регионами. В результате порядок и справедливость на некоторое время были восстановлены. Генрих III сумел объединить служителей Церкви и государства. Он старался реформировать Церковь. Генрих вручил архиепископу Майнцскому, помимо жезла – символа власти, кольцо, символизировавшее брак государства с Церковью. Адальберт Бременский, сын графа Тюрингского, был избран королем для управления архиепископством, которое могло служить отправным пунктом для многочисленных миссионерских походов вначале в славянские, затем в скандинавские страны, вплоть до Гренландии. Действуя с исключительной ловкостью и энергией, Адальберт сумел воплотить надежды правителя. Генрих III подчинял уставы реформируемых монастырей законам империи. Благодаря своей супруге Агнессе де Пуату, близкой знаменитому бургундскому монастырю, король завязал дружеские отношения с Гуго де Семюром, аббатом Клунийским, которого король намеревался сделать крестным будущего Генриха IV.