В 1002г. ситуация оказалась еще напряженнее, чем в 983г., место правителя было свободным. Оттона III был холост и не имел законного наследника. У умершего правителя остались родственники – герцоги Баварский и Каринтский. Один был правнуком Генриха I, второй – внуком Оттона Великого, но по материнской линии, и это родство не считалось достаточно близким по династическому праву. Одного из двух других кандидатов на корону – маркграфа Майсенского, поддерживала знать Саксонии и соседних княжеств, а герцог Швабский, полагался на активную поддержку архиепископа Кельнского. Борьбу выиграл герцог Баварский Генрих. Сын Генриха Сварливого, пытавшегося завладеть короной в 983г., внук Генриха, ярого противника своего брата Оттона, Генрих Баварский дорожил своей властью и умело ее использовал. При необходимости он проявлял властность и без колебаний наказывал непокорных. Он был умён и с пользой применял знания, полученные в лучшей школе королевства, куда его отправили родители в попытке сделать из него духовное лицо. Отказавшись от карьеры священника, Генрих сохранил искреннюю набожность и хорошее знание церкви, что было ценно для управления империей. Спустя сто лет после его смерти Генриха Баварского канонизируют, как впоследствии и его супругу Кунигунду.
Личные качества позволили Генриху обойти своих конкурентов. Ему были вручены императорские знаки власти, затем он потребовал коронации от архиепископа Майнцского, состоявшейся в Майнце, а не в Ахене, занятом его противником, герцогом Швабским. Затем он предпринял поездку по королевству, добиваясь проявления покорности и повиновения от своих подчиненных. Саксонии первой принимала его. Генрих обещал соблюсти права этой провинции и вновь провел коронацию. Знати присягнула ему в верности. Вслед затем его соперники отказались от своих притязаний, и в сентябре 1002г. Генрих II стал хозяином положения.
На печати для удостоверения его указов значился девиз, в котором заключалась программа императора:
Генрих II постарался устранить эти слабости, но он не умел систематизировать проблемы, решая их поочередно; всё сразу занимало его внимание. Его восточную политику подвергали сильной критике, так как он вступил в союз с язычниками лютичами против христианского князя Болеслава Храброго. Но Генрих вряд ли имел возможность действовать иначе. Болеслав начал завоевание Богемии в стремлении объединить ее с Польшей в 1003г. При удаче могла образоваться великая славянская держава, угрожающая империи. Три кампании Генриха, с 1004 по 1018г. сдержали эту угрозу. Богемия сохранила независимость, а Лужицы и земли мильчан (10) достались Болеславу только в ленное владение, уступленное императором.
Королевская власть внутри государства, по мнению Генриха, была недостаточно сильна. Королевские ресурсы ориентировались на восток от Франконии, в средоточие славянских и языческих центров, в которых требовалась христианизация. Саксонцы быстро поняли, что крепкая королевская власть покусится на их особое положение. Их мятеж необходимо было усмирить. Укреплялись связи государства с церковью. Почти всегда избираемые косвенно епископы наделялись королевскими правами. Епископство составляли священники из разных мест; единство создавалось службой на благо королевства. Генрих II хотел добиться, чтобы хоть на этом уровне не преобладало этническое начало, и единство государства крепло. Тревожили постоянные мятежи крупной аристократии в Лотарингии, Нидерландах и даже в Саксонии. Их подавление усиливало стремление Генриха II сделать всё, чтобы власть монархии превышала власть знати.
Генрих подготовил включение королевства Бургундия в империю, которое не могло осуществиться пре его жизни. В 1006г. он вновь завладел Базелем, потерянным более семидесяти лет назад. Но только во время правления Конрада II в 1033г. бургундская аристократия признала его власть. Однако остается фактом: создание тройственного союза, объединившего внутри государства Бургундию, Германию и Италию, было подготовлено политикой Генриха II.