Никон, чувствуя усиливавшийся апостасийный дух времени, старался направить все свои силы на укрепление православной сути самодержавия и хотел иметь в Алексее Михайловиче благочестивого сильного Царя, служащего Богу и Церкви, который только так и может "надеяться на выполнение своего призвания — отстаивать царство от антихриста", выполнять царскую роль Удерживающего и миссию Третьего Рима (Зызыкин). По сути Патриарх верно говорил о симфонии между Церковью и государством как о соотношении души и тела; при этом душа, естественно, более важна как причастная к вечности — то есть государство именно от Церкви получает свое конечное назначение.
В отличие от Никона, аристократам, стремившимся к привилегиям наподобие шляхетских, был нужен слабый Царь, управляемый ими, и слабая Церковь, не вмешивающаяся в их вотчинную власть. Первые меры по ограничению церковной власти, под влиянием боярства, выразились уже в «Уложении» 1649 г. и в учреждении Монастырского приказа (в частности, духовные лица делались подсудными светским властям) — против чего выступил Никон. Его влияние поначалу было столь огромным, что правил страною фактически он, впрочем, обладая и государственным умом (именно благодаря Никону произошло воссоединение Малой России с Великой в 1654 г.). Так фигура энергичного Никона, "собинного друга" Царя Алексея, с самого начала встала поперек дороги боярству, и, чтобы уменьшить влияние твердого Патриарха-"простолюдина" (он был из крестьян), бояре обвинили его в стремлении подчинить себе царскую власть.
В этом был отчасти виноват и сам Никон. В борьбе с боярством он на практике не нашел верных средств для достижения своего идеала. Прямолинейность Патриарха в отстаивании полной независимости церковных властей от светских, полемические перегибы в толковании смысла симфонии как духовного превосходства священства над царством с переносом этого подчинения также и в область государственного управления, властные манеры Никона и титул "Великого Государя" (такой же, как у Царя), чуть ли не папистское подчеркивание в себе земного "образа Христа" (а в других архиереях лишь "образа апостолов") — все это создавало удобную почву для такого обвинения. К тому же юный Царь повзрослел и хотел сам править более активно, а Никон не желал расставаться со своими государственными полномочиями, считая их уже за норму. Он напоминал, что согласился на избрание Патриархом, лишь заставив Царя, и бояр дать ему торжественную клятву "послушати во всем", — чем также трактовал свой патриарший сан в духе, близком к папизму.
Таким образом, с точки зрения идеала симфонии, если у Иоанна Грозного в яростной борьбе против эгоистичного боярства были срывы в сторону превознесения Царя над Церковью, то у Никона в аналогичной борьбе — в сторону превознесения Патриарха над Царем и вторжения в его полномочия. Это в чем-то психологически роднит Грозного и Никона при кажущейся противоположности их действий. Особенно жаль, что Никон не смог соблюсти симфонию с «тишайшим» Алексеем Михайловичем, имевшим должные качества для этого, но вынужденным вступить в конфликт с Патриархом.
Интриги боярства довели развитие отношений Никона с Царем до разрыва, когда Патриарх использовал последнее драматическое средство увещевания: добровольно удалился из Москвы, с патриаршей кафедры (вспомним и уход Грозного из Москвы)… Разумеется, этот нервный поступок был не к лицу Патриарху; он не проявил тут ни должного пастырского терпения, ни мудрости (надеясь, что его призовут назад, хотя он уже тяготил Царя). После этого руки у бояр оказались развязаны; при этом они использовали помощь тайного католика и авантюриста П. Лигарида, прибывшего в 1662 г. на Русь и сделавшего все возможное для низложения Никона. (В Москве Лигарид выдал себя за "митрополита Газского", хотя к тому времени уже был отлучен от Церкви Иерусалимским Патриархом как разоблаченный обманщик.)
В 1666 г. состоялся неканоничный суд над Патриархом Никоном по подложным документам, низложивший его до простого монаха. На суде присутствовали Царь и главные бояре, высшие представители Русской Церкви (15 епископов, включая двух митрополитов), 29 архимандритов, 11 иностранных епископов, а также Антиохийский и Александрийский Патриархи (к тому моменту запрещенные в служении Константинопольским Патриархом именно за эту поездку в Москву на суд, но скрывшие это; за участие в низложении Никона они получили множество ценных подарков). И все это устроил по подложной грамоте "экзарха Вселенского Патриарха" — лжемитрополит Лигарид, возвысившийся при Алексее Михайловиче до главного советника по церковным делам и участвовавший в рукоположении русских архиереев (в суде участвовали шесть таких епископов)…
