Вскоре выяснилась подложность рекомендаций анафематствованного Лигарида, но Царь постарался замять скандал, ничего, однако, не изменив в судьбе Никона. Правда, Царь чувствовал, что тоже перегнул палку, и перед смертью попросил прощения у Никона. Тот простил бывшего "собинного друга" Алексея Михайловича, но не простил как Патриарх — Царя… Лишь при Феодоре Алексеевиче в 1682 г., через год после смерти Никона, в Москву была привезена грамота Восточных Патриархов с его "реабилитацией"…
Патриарх Никон видел в случившемся с ним унижение Церкви и предрекал за это наказания Божии. Зызыкин полагает, что они не замедлили себя ждать уже после его ухода в монастырь: смерть большей части царских детей, военные поражения и уступки территории на западе и юге, измены украинских гетманов, восстание Разина, ранняя смерть самого Алексея в 47 лет, его наследника Феодора в 21 год… И дальнейшая судьба династии Романовых оказалась несчастливой, поскольку и Петр I внес в эти несчастья свою огромную лепту…
Главных же попустительных наказаний Божиих за этот конфликт между Патриархом и Царем, в том числе и за грехи самого Никона, было два: церковный раскол и антицерковные реформы Петра I.
Раскол связывают с исправлением священных книг и обрядов, но эту причину можно было бережно уврачевать. Он разросся потому, что либеральное боярство использовало старообрядцев (хотя и совершенно противоположных боярскому мировоззрению) в борьбе против консервативного Патриарха и придало им силу.
Исправление ошибок в богослужебных книгах было необходимо, ибо в них встречались даже бессмыслицы, возникшие при переписке. Это дело было начато еще предшественниками Никона, и сам он намеревался действовать вполне осмотрительно: через длительное изучение проблемы, ее рассмотрение Собором 1654 г., был запрос мнения Константинопольского Патриарха…
Но замах правщиков оказался большим, чем требовалось: они из подражательства поздним греческим обычаям начали исправлять те древние формы Православия, которые ранее были заимствованы Русью у тех же греков и не нуждались в исправлении — слово Исус, двоеперстие (изображенное и на иконах), направление крестных ходов посолонь, одеяния священников и т. п. В приглашенных из Киева и Греции правщиках москвичи почувствовали и западное влияние, и высокомерие — что, в свою очередь, нередко сталкивалось с узостью (доходившей до невежества) русских противников любых, даже необходимых исправлений. Эта подозрительность питалась и недоверием к Флорентийской и Брестской униям, затронувшим именно греков и малороссов, — многие боялись, что готовится нечто подобное и в Москве.
Однако у Никона потребность в изменениях исходила из стремления Москвы как единственного православного царства упорядочить богослужение всего православного мира, чтобы реально возглавить его. Тем более что разночтения в книгах уже вызвали волнения среди афонских монахов; в присоединившейся Малороссии также был новый греческий обряд. Восточные Патриархи побуждали к этому русского Царя, напоминая также древние пророчества о том, что русским предстоит освободить от мусульман Константинополь. (Таковы предсказания Мефодия Патарского в редакциях IV–VII вв., византийского Императора Льва Мудрого в IX–X вв., надпись на гробнице Императора Константина Великого, истолкованная в 1421 г. сенатором Г. Схоларием; подобные предсказания имели и грузины, и сами турки. — См.: "Россия перед вторым пришествием", гл. 20.)
И в сравнении с национальной гордостью старообрядцев, духовное величие Никона проявилось в том, что "он отверг формы национального русского благочестия как высший критерий истинности и истину вселенскую предпочел при всей своей горячей любви к родине. Он мыслил Русскую Церковь… в единении с прочими Поместными Церквами, как часть целого, но старался возвысить эту часть до того, чтобы она на деле, а не по старообрядческому самомнению была светочем, озаряющим и все другие, и Москва как Третий Рим стала действительной столицей Православия, не только по унаследованному титулу" (Зызыкин). Вот почему Никон настаивал на исправлении книг, что было лишь частью его большого плана православного просвещения, устройства школ, массового книгопечатания.
Вина Патриарха Никона, не владевшего греческим языком, состояла в излишнем доверии к грекам и в требовании беспрекословного послушания себе, без терпеливого переубеждения несогласных. Однако не с Никоном, а с его преемниками надо связывать преследования раскольников. Раскол набрал силу после ухода с патриаршей кафедры Никона, уже шедшего на уступки старообрядцам. Да и еще на Соборе 1666 г. русские архиереи пришли к верному мнению, что, утверждая новый обряд, не следует объявлять еретическим старый, постепенно он и сам отомрет, ибо разногласия несущественны.