Однако им не суждено было этого узнать. 28 декабря было официально опубликовано обвинительное заключение, где утверждалось, что Николаев и тринадцать других лиц являлись участниками заговора, а уже на следующий день газеты сообщили, что все четырнадцать были приговорены к смертной казни на закрытом судебном заседании и приговор приведен в исполнение. Ни в обвинительном заключении, ни в тексте приговора ни словом не упоминалось ни о какой причастности Зиновьева и Каменева к убийству Кирова.
То обстоятельство, что Николаева судил тайный трибунал, еще более усиливало всеобщее недоверие к официальной версии событий, возникшее из-за противоречивых правительственных заявлений. Вставал вопрос: что помешало погасить бродившие в народе слухи, поставив Николаева перед публичным судом? Никто не сомневался, что Кирова убил именно этот человек, схваченный на месте преступления. К чему же вся эта секретность? Что в этом деле такого, что Сталин не мог вынести на открытый судебный процесс?
В январе 1935 года было написано закрытое письмо НКВД СССР (№ 001 от 21 января 1935 г.), в котором сообщалось: «…Ответственные ленинградские работники НКВД спокойно взирали на то, что т. Киров систематически ходит пешком и ездит на машине по городу без всякой охраны, не принимая решительных мер к тому, чтобы такую охрану обеспечить.
В помещении самого Смольного охрану тов. Кирова нес специально прикомандированный к нему комиссар оперотряда — Борисов. Надо сказать, что этот, с позволения сказать, охранитель имел 53 года от роду, член ВКП(б) с 1931 г., до поступления в 1924 г. в органы б. ОГПУ был ночным сторожем.
Мог ли обеспечить этот старый ночной сторож личную безопасность т. Кирова против вооруженных террористов?
На деле оказалось, что в момент совершения Николаевым террористического акта комиссар Борисов, в лучшем случае, был где-то в коридорах Смольного, за добрую сотню метров от места убийства и, конечно, не только не смог отвести руку убийцы, но явился на место покушения одним из последних, уже после совершения убийства».
Бывший чекист, перебежчик Александр Орлов (Фельдбин) утверждал: «Единственной частью государственного аппарата, которая могла помочь Сталину в подготовке этого убийства, являлось ленинградское управление НКВД, отвечавшее за безопасность Кирова. Но начальником этого управления был Филипп Медведь, связанный с Кировым тесной дружбой. Медведя следовало убрать и заменить другим человеком, «более надежным». У Сталина был на примете такой человек: Евдокимов, давний сотрудник «органов». Несколько лет подряд Сталин брал его с собой в отпуск — не только в качестве телохранителя, но и как приятеля и собутыльника. Евдокимов получил от Сталина больше наград, чем любой другой энкаведист. Это была странная личность, с застывшим, точно окаменевшим лицом, сторонившаяся своих коллег. В прошлом заурядный уголовник, Евдокимов вышел из тюрьмы благодаря революции, примкнул к большевистской партии и отличился в Гражданской войне. Когда война закончилась, Евдокимов был назначен начальником областного управления ОГПУ на Украине. Там он лично возглавлял карательные операции против антисоветских повстанческих банд.
По распоряжению Сталина Ягода издал приказ о переводе Медведя из Ленинграда в Минск и назначении Евдокимова на его место. Узнав об этом, Киров пришел в негодование. В присутствии Медведя он позвонил Ягоде и без обиняков начал допытываться, кто дал ему право перемещать ответственных ленинградских работников без разрешения Ленинградского обкома. Затем Киров позвонил Сталину и опротестовал недопустимый образ действий Ягоды. Приказ о переводе Медведя из Ленинграда пришлось отменить.
Поскольку с назначением Евдокимова в Ленинград ничего не получилось, у Сталина не было иного выбора, как обратиться за помощью к Ягоде и посвятить его в свои тайные планы, касавшиеся Кирова. Ягода сразу же вызвал из Ленинграда своего протеже и фаворита Ивана Запорожца, который в то время был заместителем Медведя. Они посетили Сталина вдвоем. Избежать личного разговора Сталина с Запорожцем было нельзя: последний никогда не взялся бы за такое чрезвычайное задание, касающееся члена Политбюро, если бы оно исходило лишь от Ягоды и не было санкционировано самим Сталиным. Получив сталинский наказ, Запорожец вернулся в Ленинград.
Как раз в это время среди бумаг, поступающих в ленинградское отделение НКВД, оказалось секретное донесение, касавшееся молодого коммуниста по имени Леонид Николаев. Этот Николаев был так обозлен тем, что его исключили из партии и связанной с этим невозможностью устроиться на работу, что у него появилась мысль об убийстве председателя комиссии партийного контроля. Этим актом доведенный до отчаяния Николаев намеревался выразить свой протест против партийной бюрократии, чьей жертвой он себя считал».